新转录本----基因.PPT

新转录本数据分析 报告人：吴电云 报告时间：2012年11月9日 1.新转录本 2.方法 3.部分结果 4.文献 5.疑问 3个转录组测序（ F1 、父本、母本）,257个F1 NTs（新转录本）, F1与亲本相比，不同于亲本的转录本，可能是ncRNA,功能RNA如:microRNA，tmRNA 与参考基因组，ncbi的nr datebase,参考基因（refgene）比对。未注释的 位于基因间区域（一个基因 3‘端下游 200bp 下一个基因 5’端上游 200bp 之间的区域）的潜在 gene model，再从中挑选出长度大于 150bp 且平均覆盖度大于 2 的 gene model 称为预测的新转录本。 新转录本----基因-----代谢途径====杂种优势 Blast：Homolog genes in other plant genomes blast Blast2go ：blast（多序列） 、mapping、 mapman（代谢通路） 、 annotation Rfam：ncRNA家族数据库 RNAfold:预测RNA的二级结构，自由能。 miRBase: the microRNA databasee uniprot 蛋白质数据库 Genescan:预测ORF Non-coding RNA genes codify for a functional RNA product rather than for a protein. Micro RNA tRNA U2 spliceosomal RNA Part of Riboswitch CUFF.94835.1 ：Early nodulin 40 （tmRNA)早期结瘤素基因 tmRNA同时具备mRNA和tRNA的功能，细菌。 非豆科植物中, 基因转拟南芥， reduction of cell expansion CUFF.387439.1： Small nucleolar RNA R16 Pathway:5(4.5%) A. thaliana，Sorghum bicolor：11（7.7%） Z.mays:11(5.2%) 未知蛋白：40（25.8%） 玉米基因组或cDNA序列一段，36（22.6%） 无相似性：53（34%） Total：155个新转录本 Sequencing, Mapping, and Analysis of 27,455 Maize Full-Length cDNAs(PLoS Genetics) Insights into corn genes derived from large-scale cDNA sequencing (Plant Mol Biol) Thousands of novel trancripts indentified in mouse cerebrum testis and Es cell based on ribo-minus RNA sequencing