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基因工程之基因芯片的研究和应用 班级：生物工程09—1 学号：54093020151 姓名：张志刚 基因工程之基因芯片的研究和应用 摘要：本文主要对基因芯片的概念、技术原理、分类、主要技术流程、应用及其存在的问题和应用前景作了综述。 关键词：基因芯片；基因组研究；基因诊断；技术流程 基因芯片技术自问世以来，由于其具有微型化、集约化和标准化的特点，在分子生物学研究、医学临床检验、生物制药领域和环境学等领域显示出了强大的生命力。现代生物学已进入了以功能基因为研究主体的后基因时代，确定基因的功能以及它在不同情况下的表达状况是利用基因的基础。传统的研究方法是通过分子生物学的手段克隆一个基因，然后用生物化学、遗传学以及生理学的手段研究它的功能，需要花费大量的人力物力。然而，大多数生命现象往往与多个基因有关，传统的方法就很难满足要求。生物芯片技术的出现使得大规模地分析基因的功能及其在各种情况下的表达状况成为可能。 1 概念及原理 1.1基因芯片的概念 基因芯片的概念来源于计算机芯片，又叫DNA芯片或寡核苷酸芯片，最早是由SouthemE．在1989年提出的，因芯片有许多同义词，如DNA芯片、DNA微集芯片、DNA阵列、DNA微集阵列，且DNA是一种寡核苷酸，所以也称为寡核苷酸阵列或芯片。基因芯片是指采用寡核苷酸原位合成或显微打印手段，将数以万计的DNA探针片段有序地固化于支持物表面上，产生二维DNA探针阵列，然后与标记的样品进行杂交，通过检测杂交信号来实现对生物样品的快速、并行、高效地检测或诊断。由于常用硅芯片作为固相支持物，且在制备过程中运用了计算机芯片的制备技术，所以称为DNA芯片技术。 1.2基因芯片技术原理 基因芯片技术是建立在基因探针和杂交测序技术上的一种高效快速的核酸序列分析手段。它将大量的基因探针有序地、高密度地排列在一块1～2cm2小的玻片或胶片上，形成可与目的分子相互作用的固相表面，然后与标记的样品进行杂交，通过检测杂交信号的强度及分布进行分析。它与其他分析基因表达谱的技术，如RNA印迹、cDNA文库序列测定、基因表达序列分析等的不同之处在于，基因芯片可以在一次试验中同时平行分析成千上万个基因。 2 基因芯片的分类 基因芯片产生得益于分子生物学、微电子技术、高分子化学合成技术、激光技术和计算机科学的发展及其有机结合。根据基因芯片制造过程所采用技术的不同，基因芯片主要分为四类。 2.1 光引导原位合成技术生产寡聚核苷酸微阵列 开发并掌握这一技术的是Affymetrix公司，Affymetrix采用了照相平板印刷技术结合光引导原位寡聚核苷酸合成技术制作DNA芯片，采用这种技术生产的基因芯片可以达到1×106／cm2的微探针排列密度，能够在一片1 cm2见方的片基上排列几百万个寡聚核苷酸探针。Affy—metrix公司生产的诊断用基因芯片根据用途可以分为三类：基因表达芯片、基因多态性分析芯片和疾病诊断芯片。基因表达分析芯片和基因多态性分析芯片主要用于寻找新基因、基因测序、疾病基因研究、基因制药研究、新药筛选等，Affy—metrix公司主要生产通用寡聚核苷酸芯片；疾病诊断芯片则主要用于医学临床诊断，包括各种遗传病和肿瘤等，目前商品化诊断芯片主要有p53基因突变诊断芯片、艾滋病病毒基因基因突变诊断芯片和细胞色素P450基因突变诊断芯片。 2.2微电子芯片 Nanogen公司开发了多位点电控阵列并含独立可寻址检测区域的微电子基 因芯片，无论在芯片制造或成品芯片检测，均可通过相似微电极的电场变化来 使核酸结合，可加快DNA杂交速率，通过引入“电子严谨度”参数使芯片可以检测靶、探针序列特征，同时按照使用者要求来控制杂交过程中的严格性。 2.3微量点样技术 目前大部分生产基因芯片的公司都是使用微量点样技术，生产的芯片不受 探针分子大小种类的限制。由于同时有生产和检测仪器出售，所以用户能够根 据自己的需要制作相应的芯片。生产这种设备的公司有很多，如美国的Genom． icsolutions公司、英国的BioRobotics公司、美国的Cartesian公司和加拿大的Engi． neefing公司等。 对于微量点样技术生产的基因芯片来说，从仪器组成上可以分为点样仪器、杂交装置、检测仪器和分析仪器。点样仪器是否先进决定了芯片上的探针密度和结合牢固程度，具体的点样密度根据使用者的目的来确定，而且还要考虑到随后的杂交