第2章 化学编辑排版和分子模拟计算.pptVIP

2. 化学结构和实验装置设计相关软件 2.1 化学结构和实验装置设计相关软件 2.2 化学Windows的基本用法 1 基本工具 2. 基本用法 2. 基本用法 3. 线与箭头工具 4. 环状工具 5. 曲线工具 6. 结构标准原子与文字输入 7. 结构的选取与结构的处理 8. 结构的处理 9. 模板的制作与使用 10. 其他功能 10. 其他功能 10. 其他功能 11. 与其他软件的共享 12. 应用 小结 2.3 化学office 2.2.1 ChemDraw简介 1 结构与仪器模板 应用示例 2 特殊工具 3 质谱碎片 4 显示分子性质 5 保存格式 2.2.2 Chem3D简介 1 基本制作 2 结构不同显示方式 3 读取chemDraw结构 4 溶剂化影响模型 MM2计算 计算结果： Bond Lengths 6 性质计算 7 其他计算 上机作业 上机作业 上机作业 上机练习 View/Setting/Model Dispaly 菜单或F6键：五种 Wire Frame Sticks Ball-Sticks Cylindrical Bonds Space Filling 例如：在chemDraw中画有甲苯结构， 存成C6H6CH2.MOL 则chem3D可打开. View/Solvent Accessible 菜单 甲苯结构 例如：甲苯结构，Minimal Energy计算 运算完后，执行 “Analyze/show measurements”菜单 可显示 键长Bond Lengths 键角Bond Angles 二面角Dihedral Angles 等分子优化前后的内坐标参数。 C(1)-C(2) 1.397 1.392 C(1)-C(6) 1.400 1.392 C(1)-H(15) 1.102 1.100 C(2)-C(3) 1.396 1.392 C(2)-H(14) 1.102 1.100 C(3)-C(4) 1.396 1.392 C(3)-H(13) 1.102 1.100 C(4)-C(5) 1.397 1.392 C(4)-H(12) 1.102 1.100 C(5)-C(6) 1.400 1.392 C(5)-H(11) 1.102 1.100 C(6)-C(7) 1.509 1.497 选择菜单“Analyze/Compute properties” 选择“Available”中要计算的性质，单击“add”按钮 单击“OK” 即算出分子的性质。例如甲苯的沸点399.895K 从头算程序：Gamess Gaussian 需另外安装这两个程序。 半经验或分子力学计算 Mechanics Mopac (Am1, Mindo/3, Mndo, PM3) 计算方式：计算性质，最小能，过渡态优化，光谱分析 1. 进入中国化学软件网(/）或()，下载 Chemwin和Chemoffice。 2. 安装Chemwin和Chemoffice软件 2. 用chemwin和chemoffice软件制作如下结构,比较它们的差异。 4 画出如下的结构 5 输入如下的反应式 6. 图元的组合（Group）与取消组合（Ungroup） 图形由若干个图元组成，由于图元位置各自独立，图形要移动时，只能一个个移。若选取若干个图元，执行“组合”命令，这些组合后的图元作为一个整体处理，移动、复制、删除非常方便。执行“取消组合”又可单独处理。 7. 将上述结构和反应式粘贴到Word文档中保存，亦可以cwg后缀名保存。 8. 画出1个实验蒸馏装置 9. 制作苯环分子的立体结构图，并进行分子几何的优化计算 2.1 常用化学图文输入软件简介 2.3 Chemoffice 2.2 ChemWindow Chemoffice 2004: chemDraw，chem3D, chemFinder 平面结构、装置、立体模型、量化计算、数据库 ChemWindow 2.0-6.0：化学结构制作 ISIS_Draw ：化学结构制作 ACD/ChemSketch ：化学结构制作 ChemLab : 基本玻璃仪器软件 ★下载网址★ 中国化学软件