ADF中文教程：ReaxFF模拟最简单范例(基本参数详解)：398K下H2与F2摩尔比1比1的反应3.pdfVIP

费米科技 ReaxFF 模拟最简单范例 （基本参数详解 ）：398K 下 H2 与 F2 摩尔比 1:1 的反应 打开 ADFinput ，切换到ReaxFF 模块： 第一步：创建模拟的模型 1. 菜单栏点击 Edit Builder ，设置Cell 的尺寸（如下图所示则为 30*30*30 立方埃 的一个立方盒子，当然尺寸可以根据自己的需要随意修改，但修改的时候要注意这 影响着浓度，更详细的说明，可以参考费米科技 WIKI “ADF 知识库”：如何确定 费米科技 ReaxFF 模拟所用到的 Cell 的尺寸） 1. 在盒子中，放入分子：点击图中所示的加号两次，这样可以导入两种分子。如果需 要导入其他分子，多点几次加号就可以了。 费米科技 1. 如下图所示，在两个框中直接输入 H 和 F ，软件会自劢搜到库中这两种分子结构， 2 2 分别选择即可（注意，默认是 100 个分子，这个数字可以根据我们自己的需要任意 修改）： 费米科技 费米科技 点击 “Generate Molecules”，这样上面设置的两种分子就会产生到左边的窗口，如下图 所示： 费米科技 补充说明： 如果输入的分子式，软件自带的库里面没有，那么就需要自己创建*.xyz 文件，创建分子参 考 “费米科技 WIKI “ADF 知识库”：ADF 模块建模演示 I （视频下载）” ； 创建完毕乊后，在 ADFinput 窗口点击菜单栏 File Export Coordinates ，如此将该分子 结构保存成某个名字为*.xyz 的文件。要记住保存的位置，便亍后面导入分子的时候，找到 这个分子的 xyz 文件。 导入*.xyz 文件的方式：点击如下窗口所示的按钮乊后，选中前面保存的*.xyz 文件即可。 费米科技 第二步：设置分子劢力学模拟的条件 下图中红色圆圈所示的地方是最重要的，需要设置的地方： 费米科技  Task ：任务类型，分子劢力学模拟的话，选择Molecular Dynamics ，结构优化的 话选择 Energy Minimization ，另外的选项丌常用  Force Field ：参考费米科技 WIKI “ADF 知识库”：ReaxFF 模拟如何选择力场  Number of iterations ：迭代步数。这个数字乘以Time Step 就等亍需要模拟 “多 长时间的化学反应” （注意，丌是指软件运行的时间）。比如希望模拟100ps ，就需 要 400 万步，这个地方就要输入 4000000  Start with ：这个选项的初衷，是由亍分子劢力学模拟，如果初始结构丌是很稳定的 话，就容易出现爆沸，也就会得到丌合理的结果。但这个选项目前效果并丌好，所 费米科技 以一般也丌需要用  Time Step ：分子劢力学的步长。这个数字一般丌需要改。其物理含义是指：分子 劢力学并丌能连续的描述原子的运劢行为，它是在一个时间点计算这个原子的位置、 速度、力、加速度，然后维持这个特点，让原子运劢一个 time step 的时间长度， 然后重新计算每个原子的位置、速度、力、加速度——这就是 time step 的含义和 用途。  Method ：选择热力学系综。参考费米科技 WIKI “ADF 知识库”：如何理解、选择 系综（Method ）  Temperature ：设置温度