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第一章 蛋白质 氨基酸构成 氨基羧基 H原子 R 碱性 赖精组 酸性 天谷 Asp Glu 肽键是有刚性的 酰胺键 部分双键防止肽键自由旋转 N-末端 正电荷 C-末端 负电荷 多肽 肽键连接起来的聚合物 一级结构 氨基酸顺序 二级结构 多肽中的区域通过折叠产生 三级结构 由不同二级结构组成 四级结构 几条多肽链组成的蛋白质形状 二级结构 a螺旋 b折叠 helix and sheet 疏水相互作用 非极性分子远离水分子而互相聚集在一起 第二章 核酸 长的小分子聚合物 核苷酸 含氮碱基 糖 三磷酸 一环 嘧啶 2N 二环 嘌呤 4N 大小沟 major minor 蛋白质大多结合在大沟 一圈 3.4nm 10bp 宽度大约2nm 变性 260nm 单链DNA吸收很多 光 复性 了解一下 1.DNA链中的碱基序列可以用来保存生产蛋白质的氨基酸序列信息 2.提供了作为遗传物质需要的稳定性 3.对某些类型的损伤进行修复 4.一定的脆弱性 第三章 原核生物转录 起始：闭合启动子复合体 开放启动子复合体 取得立足点 启动子清空 延伸：局部分开两条链，RNA聚合酶创造了一个开口 转录泡 终止 内在型重视 和ρ依赖型终止 结合到RNA上形成发夹 对基因的表达进行调控 何时该表达什么蛋白 特殊时期特殊表达。。 操纵子：被协同调控的基因组织起来的结构 包含一个启动子和操纵基因（operator） 乳糖操纵子：没有乳糖时乳糖会与lac阻遏蛋白结合 别构调控 正调控 CAP能感应葡萄糖水平 低-激活lac基因的转录 不与葡萄糖直接结合 与CAMP 这样的小分子结合而发挥作用 成反比（CAMP和葡萄糖） 乳糖 诱导物 诱导了转录 色氨酸操纵子 trp阻遏蛋白 辅阻遏物 衰减作用：确保转录被彻底阻遏 边转录边翻译 偶联转录-翻译 第四章 1.RNA聚合酶 I rRNA 2.III tRNA 5S rRNA U6 RNA 3. II SRNA MRNA 通用转录因子与RNA聚合酶II在启动子位置形成的组合称为RNA前起始复合体 TF II D 8-10 subunits 其中一个 TATA结合蛋白（TBP） 必须 作为组织中心 TAF IIs TBP相关因子 取名就不能取得有意思一点 一看就不是合格的程序员 可读性极差 不是必须的 原核生物DNA结合基序 HTH 真核生物DNA结合基序 同源异型域 三个a螺旋 Zinc fingers a+b+zn2+ 亮氨酸拉链 识别不同的DNA序列 异源二聚化作用 HLH Trp阻遏蛋白 两个蛋白的二聚体 激活蛋白也通过改变基因中DNA的高级包装情况来促进转录 第五章 1.真核生物mRNA 的修饰7-甲基鸟嘌呤核苷 the CTD 第六章 看问题 第七章 1. 组蛋白尾 对 组蛋白发挥调控作用是十分重要的，因为它上面的一些氨基酸残基可以发生改变 乙酰基 甲基 磷酸等基团可以共价连接上去 2.赖氨酸乙酰化 正电-中 3.甲基化 激活转录 也可 阻遏转录 4.染色质重塑蛋白 能对组蛋白密码发生相应响应 4.小RNA调控Mrna稳定性 RISC的蛋白复合体 这一复合体选用小RNA两条链中的一条并用它来与目标mRNA结合 极度匹配 切片 不是很匹配 干涉翻译 5.miRNa 源自于细胞基因 转录出的RNA长链中切割出来的 问题 问题1：生物学家知道染色体早在他们知道遗传物质是DNA之前就携带了遗传物质。 你为什么认为花了这么长时间才发现DNA的重要性？ 1）。 染色体由DNA和蛋白质组成。 所以结构上DNA和蛋白质组分都可能是遗传物质; 2）DNA的结构仍然是未知的，因此很难让人们容易地接受DNA作为遗传物质; 3）人们还没有找到一种好的或适当的方法来验证DNA或蛋白质是否是遗传物质。 问题2：许多生物学家认为，在早期的生命形式中，DNA和蛋白质非常少。 什么分子可以代替？ 为什么这些功能很好的候选人？ 答：RNA可能已经出现了。 因为1）像DNA一样，RNA可以在早期生活中用作遗传物质，如病毒; 2）使用RNA还可以使病毒的早期生命直接从遗传物质中制备蛋白质，而不必像转录一样协调中间步骤。 3）RNA的相对不稳定性在其作为遗传物质的拷贝的作用中非常重要，因为这些拷贝需要被降解以使细胞具有动态生理学; 4）RNA可折叠成各种复杂的三维形状，与肽类似。 这意味着RNA可以起到酶的作用，可以具有远远超出其遗传物质作用的其他功能。 核糖体是制造蛋白质的高度结构化复合物，主要由RNA组成。 问题3：James Watson和Francis Crick发现DNA的结构被认为是生物学史上最重要的发现之一。 你为什么认为这可能是这种情况？ 答：因为1）这意味着DNA