基于数学方法的病毒系统发育关系分析-analysis of virus phylogenetic relationship based on mathematical method.docxVIP

I 摘 要 随着大量生物序列数据的不断被发现，特别是人类基因组计划完成以来，生物 信息学作为一门新兴学科，受到了越来越多研究人员的青睐，该学科的研究重点是 分析和处理生物序列数据，将其转化为对人类有用的信息。在本文中，我们将介绍 运用非序列比对方法和距离方法，分别对30种细小病毒和70种多瘤病毒做系统发育 分析，并构建出相应的系统发育树，获取有价值的信息。 本篇文章共分三个章节。第一章，主要介绍了生物信息学的基本概念、生物信 息学的主要研究内容、生物信息学中常用到的数学方法以及本文研究对象病毒的相 关理论背景知识。 第二章，我们提出了系统发生分析的理论知识：非序列比对方法和距离方法。 在非序列比对方面，提出了处理序列的组分矢量方法，以及对组分矢量做进一步加 工处理的动力学语言模型方法和Fourier变换方法；在距离方面，提出了关联距离方 法、对数关联距离方法、互信息距离方法和Kullback-Leibler 散度距离方法。同时对 于这些方法的具体应用做了简单的介绍。 第三章，提出了采用选用两种不同距离方法相加权的形式，分别计算30 种细小 病毒和70种多瘤病毒的距离矩阵。细小病毒，我们选用了对数关联距离和互信息距 离相结合的方法；多瘤病毒，选用了关联距离和对数关联距离距离相结合的方法。 对于30 种细小病毒的完全基因组DNA序列和蛋白质编码氨基酸序列以及70种