ChemOffice在化工中的应用.docVIP

ChemOffice在化工中的应用 一、Chemoffice简介 ChembioOffice 是由CambridgeSoft开发的综合性科学应用软件包。该软件包是为广大从事化学、生物研究领域的科研人员个人使用而设计开发的产品。同时，这个产品又可以共享解决方案，给研究机构的所有科技工作者带来效益。利用ChemBioOffice 你可以方便的进行化学生物结构绘图、分子模型及仿真、可以将化合物名称直接转为结构图，省去绘图的麻烦；也可以对已知结构的化合物命名，给出正确的化合物名。 办公桌将成为科学家成功的起点，在这里科学家可以用 ChemDraw 和 ChemOffice 去完成自己的想法，和同事用自然的语言交流化学结构，模型和相关信息，在实验室，科学家用 E-Notebook 整理化学信息、文件和数据，并从中取得他们所要的结果。ChemNMR 可预示分子化学结构的 13C 和 1H NMR 位移。ChemFinder 化学信息搜寻整合系统，此外还加入了 E-Notebook Ultra 10.0，BioAssay Pro 10.0，量化软件 MOPAC、Gaussian 和 GAMESS 的界面，ChemSAR, Server Excel, CLogP, CombiChem/Excel等等，ChemOffice Pro 还包含了全套 ChemInfo 数据库，有 ChemACX 和 ChemACX-SC，Merck 索引和 ChemMSDX等等。 5.4计算方法的选择 并不是每一个类型的计算都要用到所有的计算方法, 也并不是每一种计算方法都适用于任何一种计算。每一种计算方法在应用起来都有其利弊, 选择哪一种计算方法, 取决于因数的数目, 包括所要计算的分子种类; 所要获得的资料的类型; 以及实验上决定了的参数。这三种方法的最重要的标准如下: 模型大小; 参数的有效性; 计算机资源。对于一种独特的计算方法来说, 模型分子的大小是最重要的限制条件。一般说来, 分子中原子数目的限制使从头计算法和分子力学计算法之间有近似一个数量级的差别。从头计算法限制原子数目在3 0 个以内, 半经验量子化学计算法为30 个, 而分子力学计算法为几千个。 5.5计算过程简介 5.5.1分子优化 分子优化是Che m 3 D 的主要特点之一, 它们主要遵循能量最小化原理, 结合分子结构中的电子微扰效应, 使分子能量最低, 处于相对最稳定状态。主要还是利用上面所讲述的三种计算方法。Chem 3D 中MMZ 菜单和MOPA C 菜单内容相似, 只是后者可以生成输出文件, 在Windowsltemp文件夹中, 用户可以进行参考。 单击MMZ 菜单中的Minimize Energy命令, 即可实现分子优化, 在消息栏中显示优化的信息,并且记录了每一个祯。MMZ 和MOPA C进行分子优化的区别在于MMZ 考虑了孤对电子影响; 而MOPA C 优化时要先去掉孤对电子, 它考虑了分子间的偶极作用。MOPA C 进行分子优化后, 在信息栏中给出形成热吃Heat of Frormation )、梯度均方( GradientNorm)和偶极距( Dipole)的数据。 5.5.2 分子动力学模拟和过渡态能量优化 除两者在分子模型的大小方面有区别外, MMZ 和MOPA C在进行化学计算时各有所长, 前者能进行分子动力学模拟, 而后者可以进行过渡态能量优化。我们分别进行介绍: 选择MM Z 菜单中Moleeular Dynamies 命令, 打开Dynamies面板,设置各种参数, 然后转换到JobType面板, 选中Copy Measurem entto Messages , 则在信息窗口中可以看到动力学数据, 包括总能量、势能和虚拟温度。模型窗口中显示分子动力学过程。数据如表l : 如果选择了测量数据(如原子间距),则可以看到测量数据在不断发生变化。 选择MO p A C 菜单中的O p tim iz e to T r a n s it io n St a te 命令, 在T h e o 口面板中选择Method 和WaveFunction , 然后在Properties面板中选择性质, 可以选择一种或多种性质进行描述。例如: 选择形成热( Heat of Formation )、梯度均方(Gradient Norm )、偶极距(Dipole)和极化率(Pozariza bilities )等性质进行过渡态能量最优化, 数据如表2 : 5.6利用Chem Draw推测化合物的H NMR和C NMR谱图 Chem NMR Pro是Che m Draw Ultr a 一个独特的插件, 它能够推测和显示所选化合物中质子以及碳一13 化学位移( p p m )。 在C hem