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* 第九章 核酸序列的其他分析方法 生物信息学 1. 确定DNA序列的分子量和碱基组成 分子量（molecular weight） 单链DNA（single strand DNA，ssDNA） 双链DNA（double strand DNA，dsDNA） 碱基组成（composition） 各种碱基数量 各种碱基比例 分析举例 下载BioEdit分析工具/BioEdit/bioedit.html 在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 拷贝fasta格式的序列，在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”输入序列 选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击“Nucleic Acid→Nucleotide Composition” 文字分析结果和图形结果 2. 序列变换 AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCAC 原始DNA序列 TTTTTACCGGTACCCAGGTGTGCGTCACTCTACTTACGATCTAGAGTG 互补序列 （complement) CACTCTAGATCGTAAGTAGAGTGACGCACACCTGGGTACCGGTAAAAA 反向序列 （reverse) GTGAGATCTAGCATTCATCTCACTGCGTGTGGACCCATGGCCATTTTT 反向互补序列 （reverse complement) AAAAAUGGCCAUGGGUCCACACGCAGUGAGAUGAAUGCUAGAUCUCAC RNA序列 DNA－DNA序列之间变换 DNA－RNA序列之间变换 分析举例 在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 拷贝fasta格式的序列，在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”输入序列 选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击“Nucleic Acid→Complement”获得互补序列、“Nucleic Acid→Reverse Complement”获得反向互补序列、“Nucleic Acid→DNA-RNA”获得RNA序列 在“Edit”栏目选择“Copy Sequence to clipboard (Fasta Format)”将获得的序列粘贴到另一个文件 DNA－蛋白质序列之间变换 AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAG K N G H G S T R S E M N A R S H E 阅读框 1 K M A M G P H A V R * M L D L T R 阅读框 2 K W P W V H T Q * D E C * I S R 阅读框 3 /projects/gorf/ 确定开放读码框（ORF） ORF finder 输入序列或注册号，选择密码表 显示结果，进行选择 翻译为蛋白质 序列比对、更改显示格式 分析方法－翻译全长DNA序列（举例1） 在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 拷贝fasta格式的序列，在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”输入序列 选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击“Nucleic Acid→Translate →Frame 1”获得氨基酸序列 分析结果 分析方法－翻译选择的DNA序列区段（举例2） 在SRS检索主页（http://srs.ebi.ac.uk）点击“Tools” 在Tools网页选择“Nucleic Tools→Nucleic Translation →ShowseqN”，点击“Launch” 在ShowseqN网页粘贴序列，选择阅读框和密码表类型，确定翻译区域 分析结果 3. 分析限制性内切酶切割位点 展示DNA序列的酶切位点图 分离克隆基因或特定的DNA片段 分子标记，如CAPS（cleaved amplified polymorphism sequence）标记 可选择限制性内切酶 Restriction Map and MCS of pEGFP-N1 Vector 分析方法1（举例） 在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析 拷贝fasta格式的序列，在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”输入序列 选择被粘贴序列的名称，在“Sequence”栏目点击“Nucleic Acid→Restriction Map” 分析结果 在“Create Rest