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2018-05-25 发布于河南
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基于比对相似度动态矩阵聚类算法在基因序列中的应用.pdf

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基于比对相似度动态矩阵聚类算法在基因序列中的应用

第$ 卷第’ 期计算机应用 f:F/ $ K:/ ’ ! ! ##$ 年’ 月 ?:;V@AED =VVF692A6:38 =@4/ ##$ 文章编号：## % +#’（##$ ）#’ % ##(, % #( 基于比对相似度动态矩阵聚类算法在基因序列中的应用张白妮，骆嘉伟，汤德佑（湖南大学计算机与通信学院，湖南长沙$##’ ）（01234526367 8632/ 9:; ）摘! 要：基于= 图的聚类算法，利用聚类单元引导类的分割，保证聚类结果不会产生过多的类碎片，但其相似分数阈值?@A:BB 初始值和最长公共子串最小长度阈值C1DE81:FG 如何确定并没有明确给出。提出基于比对相似度动态矩阵的聚类算法，并在此基础上明确给出了确定9@A:BB 初始值和 C1DE81:FG 阈值的方法。实验结果表明该算法可以获得较好的聚类正确率。关键词：生物序列；聚类；最长公共子串；比对相似度动态矩阵中图分类号：CH(+/ $! ! 文献标识码：= !#$%’$()* (+ ,-./01*23 %#4*’25$)6 #6(5$’78 $) 62)2 *2942)%2* IJ=K 26L36M NOP )62LQE6M C=K RELS:@ ! #$%’() *+, #$$+-.*’-#+ #//(0(1 2+*+ 3+-4()5-’61 7*+057* 2+*+ $##’1 7-+*8 !1*’5%’: T@3 U6;M (’. M VDE8E3AEG A1E = 9F@8AED634 2F4:D6A1;M 5@A G6G1WA EXVF263 1:Q A: 4EA A1E 636A62F Y2F@E :B 9@A:BB 23G C1DE81:FGZ A1E A1DE81:FG Y2F@E :B F:34E8A 9:;;:3 8@58AD634[ / \E 63AD:G@9EG 2 9F@8AD634 2F4:D6A1; 528EG :3 A1E 86;6F2D 089:DE8 5EAQEE3 8E]@E39E8M 23G A1E ;EA1:G B:D GEAED;63634 A1E 636A62F Y2F@E :B 9@A:BB 23G A1E Y2F@E :B C1DE81:FG GEB636AEFS/ ^XVED6;E3A8 :3 4E3E 8E]@E39E8 81:Q A12A A168 2F4:D6A1; 128 1641ED D2AE :B 9:DDE9A3E88 9F@8AED634/ ;2 =(53*: 56:F:4S 8E]@E39E8_ 9F@8AED634_ F:34E8A 9:;;:3 916FG 8AD634_ TIR‘Z T6;6F2D I89:DE8 RS32;69 ‘2AD6X[ ! ! 随着生物学和医学的迅速发展，特别是人类基因组计划实验所需序列，其中的数据库是欧洲生物信息学研究所的顺利推进以及基因芯片的发明使得同时比较和研究大量基（^c ）维护的^‘N［’ ］核酸序列数据库，再利用经典的多序列因的特性成为可能，随之产生大量的基因数据。由于现在已比对算法?NOTC=N\［］［］