基于比对相似度动态矩阵聚类算法在基因序列中的应用.pdfVIP

第$ 卷第’ 期 计算机应用 f:F/ $ K:/ ’ ! ! ##$ 年’ 月 ?:;V@AED =VVF692A6:38 =@4/ ##$ 文章编号：## % +#’（##$ ）#’ % ##(, % #( 基于比对相似度动态矩阵聚类算法在基因序列中的应用 张白妮，骆嘉伟，汤德佑 （湖南大学计算机与通信学院，湖南长沙$##’ ） （01234526367 8632/ 9:; ） 摘! 要：基于= 图的聚类算法，利用聚类单元引导类的分割，保证聚类结果不会产生过多的类碎 片，但其相似分数阈值?@A:BB 初始值和最长公共子串最小长度阈值C1DE81:FG 如何确定并没有明确给 出。提出基于比对相似度动态矩阵的聚类算法，并在此基础上明确给出了确定9@A:BB 初始值和 C1DE81:FG 阈值的方法。实验结果表明该算法可以获得较好的聚类正确率。 关键词：生物序列；聚类；最长公共子串；比对相似度动态矩阵 中图分类号：CH(+/ $! ! 文献标识码：= !#$%’$()* (+ ,-./01*23 %#4*’25$)6 #6(5$’78 $) 62)2 *2942)%2* IJ=K 26L36M NOP )62LQE6M C=K RELS:@ ! #$%’() *+, #$$+-.*’-#+ #//(0(1 2+*+ 3+-4()5-’61 7*+057* 2+*+ $##’1 7-+*8 !1*’5%’: T@3 U6;M (’. M VDE8E3AEG A1E = 9F@8AED634 2F4:D6A1;M 5@A G6G1WA EXVF263 1:Q A: 4EA A1E 636A62F Y2F@E :B 9@A:BB 23G C1DE81:FGZ A1E A1DE81:FG Y2F@E :B F:34E8A 9:;;:3 8@58AD634[ / \E 63AD:G@9EG 2 9F@8AD634 2F4:D6A1; 528EG :3 A1E 86;6F2D 089:DE8 5EAQEE3 8E]@E39E8M 23G A1E ;EA1:G B:D GEAED;63634 A1E 636A62F Y2F@E :B 9@A:BB 23G A1E Y2F@E :B C1DE81:FG GEB636AEFS/ ^XVED6;E3A8 :3 4E3E 8E]@E39E8 81:Q A12A A168 2F4:D6A1; 128 1641ED D2AE :B 9:DDE9A3E88 9F@8AED634/ ;2 =(53*: 56:F:4S 8E]@E39E8_ 9F@8AED634_ F:34E8A 9:;;:3 916FG 8AD634_ TIR‘Z T6;6F2D I89:DE8 RS32;69 ‘2AD6X[ ! ! 随着生物学和医学的迅速发展，特别是人类基因组计划 实验所需序列，其中的数据库是欧洲生物信息学研究所 的顺利推进以及基因芯片的发明使得同时比较和研究大量基 （^c ）维护的^‘N［’ ］核酸序列数据库，再利用经典的多序列 因的特性成为可能，随之产生大量的基因数据。由于现在已 比对算法?NOTC=N\［］ ［ ］