Pymol_学习笔记.pdf

Pymol 学习笔记 转自：驴头的驴窝 整理：ChinaNMR.cn Pymol 学习笔记 （一）：简介安装 Pymol 是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano 编写，并且由DeLano Scientific LLC 负责商业发行。 Pymol 被用来创作高品质的分子 （特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称， 在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol 名字的来源：“Py”表示该软件基于python 这个计算机语言，“Mol”则是英文分子 （molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有 所帮助。今天先来说说安装吧。 自2006 年8 月1 日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL 执行程序 （包括beta 版）采 取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者 编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话： 1. 如果你是Windows 用户，首先下载Pymol 的源代码。 然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块：  C++ (gcc or g++ package name)  Python  OpenGL  PNG 然后在源代码目录里面依次运行： 2. 如果你是Linux 用户，首先确保以下东东已安装：  Python  Pmw  OpenGL driver （我用的是NVdia）  libpng  Subversion client （下载源代码需要） 然后下载Pymol 的源代码 $ mkdir pymol-src $ svn co /svnroot/pymol/trunk/pymol pymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译 # python setup.py install # python setup2.py install 拷贝执行脚本到某个$PATH ，安装就搞定了 # cp ./pymol /usr/bin 如果运行时得到错误信息ImportError: No module named Pmw，那么你应该运行 # python setup2.py install pmw 如果你在使用Gentoo ，请确保编译 python 时添加了tcl/tk 支持，否则运行是会提示错误 ImportError: No module named _tkinter # USE=tcl tk emerge python 好了，下面我们就可以进入Pymol 的世界了。 Pymol 学习笔记 （二）：基本的鼠标操作 这里主要介绍一下Pymol 的基本操作，包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标操作等等。 当你打开Pymol 后，你将会看到如下图所示的界面： 该界面分为2 窗口，上面的外部GUI 窗口（External GUI）和下面的Viewer Window 。Viewer Window 又分为左右两块，左边用来显示结构图像的（Viewer ），右边则是一个内部GUI 窗口（Internal GUI)。 Viewer 自身包含一个命令行（如图中左下方的PyMOL提示符），可以用来输入Pymol 命令；在 Inernal GUI 中则可以选定一些特定的对象并完成一些操作。External GUI 则包含一个标准菜单、 一个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮。请注意，标准的“复制、剪切和粘 贴”操作只能在 External GUI 中完成，并且必须使用“Ctrl＋C 、Ctrl＋X 以及Ctrl＋V”来完成，这也 是这个所谓的外部GUI 的最重要的优点。 加载文件，有二种方法： 1. 在Exter