非洲生物信息学教育调查分析recite.docx

非洲生物信息学教育调查分析[摘要] 自从第一个基因组完全测序以来，生物信息学的学科发展迅速。并且，在过去的几十年中，高通量测序技术的发展确保了生物信息学的发展。如今，生物信息学已发展成为一门学科，并且在生命科学学科前沿起着重要作用。但是，生物信息学的教育在非洲大陆并不普及，造成这种情况的原因是多方面的。缺乏生物信息学专业知识对非洲各研究机构建立现代高通量测序项目产生了连锁反应，包括对非洲种群基因组进行全面和系统的分析。因此，生物信息学在非洲的教育具有重要意义。在本文中，我们讨论了在非洲的生物信息学教育的现状，并研究了部分大学的课程体系，同时也讨论了非洲目前在这方面教育的不足，有助于非洲生物信息学教育的进一步深化与展开。 [关键词] 生物信息学教育非洲1 引言生物信息学领域越来越依赖于科技的进步，依赖于计算工具的发展。而目前其必要的技能主要是由发达国家的研究人员所掌握。而在非洲，生物信息学的相关技能并不容易掌握，而且也缺少相应技能可供选择，因此非洲经常在外面寻求援助。目前非洲的生物信息学的发展现状很大程度上是基于非洲和国外一些组织的投入。而通过研究非洲本土的生物信息学的教育，有助于非洲提高自主研究能力，减少非洲对发达国家教育的依赖。本文概述了生物信息学教育在非洲的现状并对其原因做了分析。2 调查对象与方法2.1调查对象的选取非洲生物信息学教育2.2调查方法通过相关文献和相关机构官方网站获取信息，进而进行整理，得出结论。2.3调查内容非洲生物信息学现状，包括非洲的本科教育，硕士教育，博士教育及专业培训的学历教育和课程体系。2.4调查时间 2017年6月28号至2017年7月3号3 结果与分析3.1学历教育3.1.1本科教育生物信息学作为一门新兴学科，自然而然，其教育的配套发展相对于其它计算机和生物学类别的学科而言是比较晚的。最早的生物信息学论文仅在1998年发表。【9】随着海量生物大数据的出现和高通量测序技术的发展，生物信息学的学术得以迅速发展。对于实施合适的生物信息学教育也成为了广为讨论的话题。最早生物信息学教育的尝试是为计算机和生物信息学相关学科的本科生提供短期的培训教育项目，例如于1998年南非举办了第一次生物信息学短期课程培训。这些短期课程培训虽不授予学位，但也是生物信息学教育的重要组成部分。随后，正规的本科教育在非洲乃至全世界各地建立起立。【18】作为正规的学科教育，非洲的生物信息学教育在近十多年来得到了广泛承认。2005年，ISCE第一次将生物信息学教育列入其年会的主流会议。【14】H3ABioNet成立了生物信息学学位授予部门研究室，领导建立了非洲生物信息学教育委员会的建立。该研究室致力于通过与ISCB和GOBLET的合作共同促进生物信息学学科发展。3.1.2硕士教育现阶段，硕士教育是生物信息学学历教育的主要组成部分。【10-13】在非洲，具有不同教育背景的学生选择接受生物信息学的硕士教育。硕士教育的内容涵盖如编程入门等计算机知识和分子生物学等生物知识。然而，这无论是对讲师还是学生而言，这都是一个不小的挑战。对于讲师而言，如何根据不同学生先前接受的计算机和生物学教育而进行传授生物信息学的专业知识是他们面临的棘手问题。同样，对于学生而言，他们也需面临因其它同学差异化、多样化教育背景带来的挑战，也许他们选择的导师并不是与他们自身的教育背景完全契合。这些挑战激起了生物信息学教育领域的讨论。在2001年，ISCB的教育委员会出台了一份文件建议生物信息学核心和支持学科作为硕士教育的主要内容。其它教育组织和联盟也随后建立为生物信息学教育提供全球性的支撑网络。【17】3.1.3博士教育生物信息学教育目前在非洲正通过诸如H3ABioNet等机构的倡议下实现振兴。一系列正规的生物信息学教育在非洲各大学术机构建立。2001年，第一批生物信息学博士学位在南非授予。而且，许多大学学术机构都在建立当地系统的教学项目。例如：毛里求斯大学、科文纳特大学等大学均提供博士学位的培养计划。许多大学的博士学位授予要求学生在生物信息学家的监管与指导参与完成某些特定课题的研究。针对某些特定课题，非洲不同的研究所建立起相关合作机制使得这些分布在不同研究所所在大学的学生能够相互之间进行知识和机能的相互交流3.1.4 专业培训目前，H3ABioNet发起了师徒制来确保讲师和学生的专业知识和专业技能持续紧跟生物信息学的发展。为了提高讲师的专业技能，“Train-the-trainers”课程在非洲广为推广。这是一个使讲师不断跟进生物信息学发展并更好地教授学生专业知识的课程。该项课程为广大生物信息学教育的老师提供了锻炼提升的机会，也促进了生物信息学专业知识的发展和传播。3.2 课程体系分析生物科学、计算机科学、数学、统计学、生物信息学专业课程等进行分类统计各培养方案