蓝细菌16s rrna双甲基化酶基因ksga的进化分析 蛋白结构预测及功能验证论文-evolutionary analysis of cyanobacteria 16s rrna demethylase gene ksga protein structure prediction and functional verification paper.docxVIP

研究生优秀毕业论文蓝细菌16SrRNA双甲基化酶基因ksgA的进化分析、蛋白结构预测及功能验证目录摘要i关键词一iAbstract．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．ii缩略语表iii1前言11．1蓝细菌简介11．2蓝细菌的系统发育和分子进化31．3蛋白质进化61．4KsgA／Diml家族的16SrRNA双甲基化酶82材料与方法122．1菌株与质粒一122．2培养基配方以及培养条件．．132．3常用试剂配方．132．4主要分子生物学试剂．．132．5实验方法．．132．5．1质粒构建132．5．2感受态细胞的制备152．5．3春雷霉素抗性检测。152．5．4大肠杆菌质粒DNA的提取．162．5．5RNA抽提一．162．5．6反转录cDNA的测序172．5．7ksgA基因预测与序列获取182．5．8系统发育分析l82．5．9二级结构及三维模型分析203结果与分析213．1蓝细菌的ksgA基因213．2基于16srRNA的蓝细菌进化分析23万方数据华中农业大学2015届硕士研究生学位论文3．3蓝细菌KsgA家族的进化分析253．4蓝细菌ksgA蛋白的二级结构分析253．4．1蓝细菌ksgA蛋白的二级结构分析一253．4．2蓝细菌ksgA蛋白的保守motif分析253．5蓝细菌ksgA蛋白的同源建模和催化活性位点分析283．6蓝细菌ksgA基因的功能验证314总结与讨论．33参考文献36附录43致谫}44万方数据蓝细菌16SrRNA双甲基化酶基因ksgA的进化分析、蛋白结构预测及功能验证摘要作为地球上最古老的生物之一，蓝细菌种类多样，是生态环境中重要的微生物类群。目前，关于蓝细菌的分子进化还存在很多争议和空白。KsgA／Diml家族的双甲基化酶是一个典型的S．腺苷甲硫氨酸(SAM)依赖的I类甲基转移酶，催化核糖体小亚基rRNA末端茎环上两个相邻腺嘌呤的双甲基化。这两个碱基的双甲基化修饰是核糖体小亚基rRNA仅有的三个高度保守的碱基修饰中的两个。本研究对已测序的37种蓝细菌KsgA甲基化酶基因和16SrDNA进行了序列比对和进化分析，结果显示蓝细菌ksgA基因与16SrDNA进化分支高度相似，且体现出蓝细菌进化的聚类特征。本研究同时对蓝细菌KsgA蛋A进行了结构预测、保守模体及催化活性位点分析，显示蓝细菌KsgA甲基化酶与其它物种的KsgA／Diml家族蛋白拥有高度相似的结构：均包含N端与C端两个结构域，N端是典型而保守的SAM依赖的甲基转移酶结构域；C端的序列和结构则均呈现相对多样化。根据序列分析和结构预测的结果，本研究中选择克隆了单细胞的集胞蓝细菌Synechocyst括sp．PCC6803、丝状能分化异形胞固氮的鱼腥蓝细菌Anabaenasp．PCC7120，以及单细胞棒状的细长聚球蓝细菌Synechococcuselongatessp．PCC7942的ksgA基因，分别对大肠杆菌的ksgA突变体进行异源互补以初步验证ksgA在蓝细菌中的功能，实验中发现它们均能在一定程度上互补大肠杆菌kzgA基因突变体的表型。本研究通过对蓝细菌中KsgA／Diml蛋白质家族的研究为进一步理解蛋A质功能与结构协同进化的机制和蓝细菌的演化历程补充了理论依据并提供了实验证据。关键词：ksgA；蓝细菌；序列分析：蛋白结构预测万方数据华中农业大学2015届硕士研究生学位论文AbstractCyanobacteriaareamongthemostancientorganismsontheearth，manyspeciesofwhichareimportantfortheecologicalenvironment．However,weknowlittleaboutthemolecularevolutionofcyanobacteria．TheKsgA／DimlproteinfamilyofrRNAadeninedimethyltransferasecatalyzesthepost—transcriptionaldimethylationsoftwoneighboringadeninesinthe3’terminalhelixofthesmallribosomalsubunitrRNA．Thesemodificationsareconservedthroughoutevolutionofallthreekingdomsbacteria，achaea，andeukaryotes．OurresearchpaysattentiontomolecularevolutionandstructureofKsgA／Dimlfamilyincyanobacteria．Thephylogeneticanalysisof16SrDNAandksg