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芯片制作系统 芯片制作系统主体 4针机械手从384孔板中取样 48针的机械手进行点样（48针机械手可以在6小时内对50个具有1,000点样点的芯片进行点样） 操作控制板 洗涤/干燥台 信号检测系统 扫描软件的主操作界面 布朗法中 不同荧光染料(Cy3 Cy5) 染色试样 一起点在一个芯片上 检测mRNA 表达引起的颜色相对改变 其实 Cy3和Cy5 → →都是红色染料 怎样分析呢？？？ 【例】 如果控制实验是绿色 真实实验是红色 那么，没有mRNA的基因→被指定为黄色 一种中间色 绿色的基因表示表达的减少 红色的基因意味着表达的增加 数据分析和表达时，被当作绿色和红色 样A 样B 相关芯片 电子芯片 三维芯片 条，每个 3cm长的微 条上。 优 势 流过式芯片 END * 斯坦福大学的Patric Brown 发明了多针矩阵方法 Patrick Browns Pin Array 取样 点样 清洗 进位 点样系统必备性能 多针头自动同时取样，96或384孔取样板 单针取样量250~500nL，每次点样量100~150pL 点样直径100~150um，系统点阵分辨率10um 可程控~连续点样操作 固相介质~~须位置固定 【例】 Cartesian - PixSys Series 合成后点样板 杂交 分子相互作用 Methods in Microarray Detection 激光共聚焦显微镜的原理 基于PMT（光电倍增管）的检测系统 [ PMT~ photomultiplier tube ] CCD（电荷偶合装置）摄像原理检测光子 [ CCD~charge-coupled devices ] 荧光扫描仪两分类 Confocal Scanning Microscopy 激发高峰 494纳米 释放高峰 518纳米 释放与激发 高峰波长 相差24纳米 称之为 Strokes shift FITC染料 图象分析 (Biodiscovery Imagene ) 标准化处理（Normalization） Ratio分析 (Ratio Analysis) ▲R/G值： Cy3/Cy5比值 ▲ 0.5-2.0范围内：基因不存在显著表达差异 之外：基因的表达出现显著改变 Microarray数据库 ▲用户的管理信息、原始实验结果（图象文件、信号强度值、背景平均值行列号、基因号等）、各种实验参数（Plates/unigene/Sets/Clusters）、探针相关信息 ▲Clone相关信息[ 基因名称、基因序列、GenBank accession号、克隆标志符（IMAGE）、代谢途径标志符、内部克隆标志符] ▲分析处理结果、芯片设计相关的资源和数据等 Microarray数据分析 简化原始数据 结果直观 解析出正确的基因表达谱和功能信息 分析方法 选择分析方法的基本标准： 理想的分析方法是建立在合理的算法基础之上 能全面综合并直观地解析原始数据 修正已有数据 从结构、序列、功能之间找到新联系 microarray数据分析的主要方法： ★ 手工分类法（Manual classification Method） 聚类分析 (Clustering Analysis) ★ 非监督聚类法(Unsupervised Clustering) 又称配对平均连锁聚类分析 (Pairwise average-linkage cluster analysis) ★ 神经网络方法(Neural network approach) ★ 混合聚类法 (Hybrid clustering approach) ScanArray?5000/4000/3000
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