第十五章 分子数量遗传学1 群体和 与数量遗传学 .pptVIP

第十五章 分子数量遗传学简介 资源群体的建立 基于近交系或品系（种）杂交的试验设计 假设：QTL在两个群体中已经固定 回交设计 F2设计 ?? 通过杂交构造资源群体 可产生很强的连锁不平衡 QTL在群体中的分离比较理想 检验效率较高 * * 分子数量遗传学简介 分子遗传学与分子生物技术 DNA水平上的分子遗传标记及其检测技术 DNA序列测定技术 转基因技术 克隆技术 遗传标记 可准确鉴别的能反映个体特异性的遗传特征 理想标记应具备的条件 高度多态 数量多，而且均匀地覆盖整个基因组 测定不受年龄、性别、环境等因素的限制 共显性，能够准确判别所有可能的基因型 传统的遗传标记 形态学标记 具有鲜明外部特征的质量性状：毛色、有无犄角 细胞学标记 染色体形态、数目和结构的变异 生化学标记 血液或乳中的蛋白质（包括酶）的多态性，通过免疫反应或电泳技术反映出来：血型抗原、血液蛋白、乳蛋白、同工酶 分子遗传标记 任何两个个体的DNA序列都不会完全相同 在人类平均大约每1000个碱基对中会有1个差异 个体间的DNA序列差异可作为遗传标记 I 型标记：与基因功能有关的标记 II 型标记：与基因功能无关的标记 图距函数（mapping function） 重组率与图距之间的函数关系 Haldane 图距函数（假设无干扰） 或 当有3个基因座位（A?B?C）时 图距函数 Kosambi图距函数（考虑干扰） 或 当有3个基因座位（A?B?C）时 重组率是不可加的，图距是可加的 图距函数 物理图谱（physical map） 基因在染色体上的物理位置图 物理距离 以碱基对（base pair, bp）数或千碱基对（kino-base pairs, kb）数来度量的基因座之间的距离 在人类基因组中，1cM的遗传距离大约相当于1000～2000kb的物理距离 物理图谱 连锁图谱 畜禽遗传图谱现状 注：1.引自INRA数据库 http://locus.jouy.inra.fr 2.引自ARKdb数据库 分子遗传标记的用途 QTL的检测与定位 标记辅助选择 标记辅助基因导入 标记辅助杂种优势利用 群体间和群体内的遗传特性 研究品种起源与发展 亲子鉴定、亲缘关系估计 ???? Q q QTL QTL = quantitative trait locus (loci) 广义：所有影响数量性状的基因座 单个基因 染色体区域（基因簇） 狭义：对数量性状具有较大影响的基因座 ETL = economical trait locus(loci) 影响经济性状的基因座 多数情况下等价于QTL 主效基因（major gene） 对数量性状具有较大影响的基因（单个基因） 并非所有数量性状基因都是微效的 已发现的主效基因 鸡的矮小（dwarf）基因 猪的氟烷（Halothane）基因 羊的Booroola基因 牛的双肌（double muscling）基因 Booroola gene Double muscling gene Dwarf gene Halothane gene QTL检测的主要策略 标记-QTL连锁分析（QTL mapping） 单标记分析 多标记分析 基因组扫描 候选基因分析 候选基因分析 通过分析特定基因与性状的关联检测该基因是否为QTL 候选基因 在性状的发展和生理过程中具有已知生物学功能的基因 可以是结构基因或在调控和生化路径中影响性状表达的基因 候选基因分析 - 基本步骤 选取候选基因 生物学候选基因 根据已知的生物学知识 根据在人类或小鼠中已发现的具有较大表型效应的突变基因 位置候选基因 根据QTL连锁分析的结果，在确定存在QTL的染色体区域内寻找基因 位置比较候选基因 利用在其他物种中发现的基因的信息，在同源的染色体区域内寻找基因 候选基因分析 - 基本步骤 获取用于扩增该基因的引物序列 揭示候选基因内的多态性 建立对所揭示的多态位点(site)进行大规模的测定基因型的实用方法 选择用于研究候选基因与性状的关系并获得DNA样品和表型信息的群体 研究候选基因与性状的关系 证实候选基因与性状的关系 候选基因分析 - 例 ESR （雌激素受体）作为猪产仔数候选基因的分析 为什么选择ESR 雌激素在很多繁殖功能中发挥重要作用 胚胎存活率 胎儿发育 受精 第二性征 雌激素受体很可能起着关键作用 候选基因分析 - 优缺点 优点： 统计检验效率（如果侯选基因是QTL，能够被检测出的概率）高 应用范围广：可用于任何群体 费用低 操作简单 便于在标记辅助选择中应用 缺点 易受非候选基因的干扰 难于确定候选基因就是QTL 成功率不高 标记-QTL连锁分析 基于标记与QTL之间的连锁不平衡关系，通过对标记从亲代到子代遗传过程