一种基于lncRNA-miRNA-疾病相互作用网络预测新lncRNA-疾病关联关系方法.docx

本发明涉及lncRNA与疾病关联预测的生物信息领域，公开了一种基于lncRNA-miRNA-疾病相互作用网络预测新的疾病与lncRNA关联关系的方法，能够有效的从海量生物数据中挖掘潜在的疾病相关的lncRNA,降低生物实验成本与开销，加快生物信息领域研究进展；本发明的方法包括： lncRNA-miRNA关联关系的获取，miRNA-疾病关联关系的获取，根据已知的关联关系，整理lncRNA-miRNA-疾病相互作用网络； lncRNA-miRNA关联关系的邻接矩阵表示，miRNA-疾病关联关系的邻接矩阵表示，基于lncRNA-miRNA-疾病相互作用网络的疾病超级表达谱和lncRNA的超级表达谱；基于RBF神经网络的lncRNA相似性计算，基于RBF神经网络的疾病相似性计算，以及基于lncRNA相似性，疾病的相似性，lncRNA-miRNA-疾病的邻接矩阵来计算lncRNA-疾病关联对的关联程度；最后用交叉验证的方法，通过AUC值的大小来进行方法好坏的评判与参数优化。1、一种基于lncRNA-miRNA-疾病相互作用网络预测新的疾病与lncRNA关联关系的方法，包括以下步骤：S1：原始数据集的获取与处理；S2：数据特征的预处理与特征选择；S3：模型的训练；S4：模型的诊断与调优。2、根据权利要求1所述的预测新的疾病与lncRNA关联关系的方法，所述步骤S1具体包括以下步骤：S11：lncRNA-miRNA关联关系的获取；S12：miRNA-疾病关联关系的获取；S13：根据S11和S12获得的已知的关联关系，整理lncRNA-miRNA-疾病相互作用网络；3、根据权利要求1所述的预测新的疾病与lncRNA关联关系的方法，所述步骤S2具体包括以下步骤：S21：lncRNA-miRNA关联关系的网络构造与邻接矩阵表示S22：miRNA-疾病关联关系的网络构造与邻接矩阵表示S23：，基于lncRNA-miRNA-疾病相互作用网络的疾病超级表达谱和lncRNA的超级表达谱；4、根据权利要求1所述的基于无线传感器网络的多维数据查询方法，其特征在于，所述步骤S3具体包括以下步骤：S31：基于RBF神经网络的lncRNA相似性计算S32：，基于RBF神经网络的疾病相似性计算， S33，基于lncRNA相似性，疾病的相似性，lncRNA-miRNA-疾病的邻接矩阵来计算lncRNA-疾病关联对的关联程度；5、根据权利要求1所述的基于无线传感器网络的多维数据查询方法，其特征在于，所述步骤S4具体包含以下步骤：S41：AUC值的计算S42：相关参数的调整一种基于lncRNA-miRNA-疾病相互作用网络预测新的疾病与lncRNA关联关系的方法，技术领域本发明涉及lncRNA与疾病关联预测的生物信息领域，尤其涉及一种基于lncRNA-miRNA-疾病相互作用网络的新的预测疾病与lncRNA关联关系的方法模型背景技术研究表明，长非编码RNA（lncRNA）是一类长度超过200个核苷酸的重要非编码RNA.在许多重要的生物过程中起着关键的作用，其中包括转录，翻译，剪接，分化，表观遗传调控，免疫反应，细胞周期调控等等。因此，lncRNA的突变和失调和许多人类景有着重要的关联关系。比如有研究表明lncRNA与癌症， 心血管疾病，神经性疾病等都有密切的关联，临床实验表明有些lncRNA，如 HOTAIR，PCA3和UCA1已经被分别作为肝癌细胞复发，前列腺癌侵袭，膀胱癌诊断的生物标志物。因此，鉴定潜在的人类疾病相关lncRNAs不仅可以促进lncRNA水平上人类疾病分子机制的理解，而且可以促进人类疾病诊断，治疗，预后和预防的生物标志物识别。目前，大量的研究已经产生了大量的关于序列，表达，功能等lncRNA相关的生物学数据，这些数据存储在一些公开可以免费使用的数据库中，比如NRED,lncRNAdb,NONCODE等。然而，只有相对较少的lncRNA-疾病被公布。因此，基于这些数据集开发强大的计算模型以大规模预测潜在的疾病-ncRNA相关性已被视为lncRNAs和疾病中最重要的主题之一。计算模型可以提供最有希望的lncRNA疾病关联进一步的实验验证，从而减少生物实验的时间和成本。发明内容本发明目的在于提供一种基于lncRNA-miRNA-疾病相互作用网络预测新的疾病与lncRNA关联关系的方法模型方法，提供最有希望的lncRNA疾病关联进一步的实验验证，从而减少生物实验的时间和成本。 为实现上述目的，本发明主要方法步骤如下：S1：原始数据集的获取与处理；S2：数据特征的预处理与特征选择；S3：模型的训练；S4：模型的诊断与调优。优选地，所述步骤S1具体包括以下步骤：S11：lncRNA-miRNA关联关系的获取；S12：miRNA-疾病关联关系的获取；S13：根据S