计算机辅助化学研究与设计.doc

硕士研究生课程 计算机辅助化学研究与设计 主讲教师 徐 顺 教授 前 言 计算机作为一种化学学习和研究的工具有着不可替代的作用。它不仅能够帮助我们进行文字及图形处理等，而且可以在化学学习与研究的各个方面协助我们更快、更好的工作。本课程将陆续介绍一些常用的能在PC机上使用的化学类软件，Internet上的化学化工资源，以期能帮助同学们在自己的学习和研究中做出有效、快速的选择。常用化学类软件大致可分为以下几类： 化学绘图： 二维图的绘制 三维图的绘制 ChemSketch ChemDraw ChemWindow ISIS Draw SmartDraw Chem3D Symapps Rasmol ChemBuilder 3D WebLab Viewer Pro 实验装置绘制：ChemLab 数据处理：Origin, SigmaPlot 图谱模拟和解析：ChemWindow 6.0 Spectroscopy版，gNMR，MassSpectra Simulator， IR SearchMaster，IR Mentor Pro 分子力学和量化计算：Hyperchem，WinMOPAC，Gaussian98，Gamess，MATLAB。 化学资料的管理：ChemFinder，Reference Manager 需要说明的是，随着PC机类化学软件不断的得以发展。许多公司逐渐开发了自己的综合化学软件包。例如：Bio-Rad 公司出品的Sadtler Suite 1.2软件包，由ChemWindow 6.0 Spectroscopy版，IR SearchMaster6.0，IR Mentor Pro2.0和Symapps6.0四部分组成。Cambridgesoft公司出品的Chemoffice系列。其中最新版本为Chemoffice2005。它主要由Chemdraw9.0，Chem3D9.0和ChemFinder9.0三部分组成。可以说，以后这种集成性的软件包会越来越多，功能也会越来越强大，越来越完整。下面我们来分类介绍这些软件的基本功能。 化学绘图 第一节 总论 有关化学绘图的软件市面上非常之多，它们各有所长。既有商品的，亦有对教育界及家用免费的。其功能主要是描绘化合物的结构式、化学反应方程式、化工流程图、简单的实验装置图等化学常用的平面图形的绘制。常见的这类软件有： ChemDraw ChemWindow Chemsketch ISIS Draw SmartDraw ChemDraw为当前最常用的化学绘图软件。其最新版本为Ultra 9.0。ChemDraw Ultra 9.0 是CHEMOFFICE 2005的组成部分之一。具体来说，具有以下几大功能： （1）、绘制、标注分子结构图、化学方程式和实验装置图，预测分子的常见物理化学性质如：熔点、生成热等。 在ChemDraw的工作区域（工作区域可以任意选择为ChemDraw提供的模板或自定义形式）中，我们可以利用窗口左边的工具框绘制各种分子结构式，反应方程式和实验装置。 需要说明的是，在Chemdraw中绘制的一般线形图可以利用view菜单下的3D model命令很方便的转换为3D模型。不过，这个模型只是一个示意图。不能真正表示分子的三维结构。 下面是ChemDraw预测分子的常见物理化学性质的一个演示。一般来说，这些性质包括：Formula，Exact Mass，Mol. Wt，Element Ratio，Boiling Point，Melting Point，Critical Temp，Critical Pres，Critical Vol，Gibbs Energy，Log P，MR，Henrys Law，Heat of Form，CLogP，CMR等。 （2）、模拟分子结构的核磁共振谱（H-NMR和C13-NMR）。 ChemDraw具有模拟分子核磁共振谱的功能。在软件的绘图工作区域画出一个分子结构。然后利用Structure菜单中的1H-NMR shift和C13-NMR shift命令即可得到。如下图： 在ChemDraw的工作区域中，实际上就象一张word文档，为了所绘出的图和一些标注、文字、解释、说明、数据能够较为和谐的摆放到适当位置，用户可以在ChemDraw的工作区域进行排版。ChemDraw很好的支持了该项功能。另外，ChemDraw的插件还可以令我们在网页中对分子结构进行简单的编辑和处理。 ChemWindow和ChemDraw比较类似，是一个综合性的化学绘图软件。但是它的一个突出特点是与光谱的结合（特指Spectroscopy 版）。ChemWindow 6.0 Spectroscopy 版包括三大部分： (1) 绘画化学结构、化学反应式和