微生物基因组测序作图流程教学教材.pptxVIP

微生物基因组测序作图流程;内容;微生物基因组DNA Survey服务;分析流程;质控;非一致序列分析(K-mer分析和NT库比对）;细菌框架图;分析流程;中级生物信息分析;基因功能注释（ KEGG、SwissProt、COG库的比对）;细菌精细图;分析流程（中级分析或高级分析）;数据处理和质控参考Survey;组装结果评价;基因预测和基因注释参考细菌框架图;重复序列分析（ RepeatMasker 、 RepeatProteinMasker 、 TRF ）;ncRNA预测;细菌完成图;细菌群体进化分析;Core and pan genome构建和分析;SNP分析;InDel分析;进化分析;真菌框架图;分析流程;中级生物信息分析;真菌精细图;基因预测（Augustus、SNAP、GeneMark-ES、Glean）;真菌重测序;分析流程;单碱基深度和覆盖度分析（SOAPaligner2.20）;一致序列组装;SNP检测及其在基因组的分布;上图：SNP在每条染色体上的密度分布 左图：SNP在基因组上的分布;InDel的检测及在基因组的分布;结构变异(SV)检测及在基因组的分布;病毒_质粒_ BAC (fosmid_线粒体_叶绿体);个性化分析（可选）;共线性分析（需要近缘物种序列信息）;基因家族分析(需要近缘物种序列信息);变异分析(需要近缘物种序列信息);Core and pan-genome 系统发育分析 (需要近缘物种序列信息) 特殊功能蛋白的注释分析 (适用于真菌项目) 分泌蛋白的预测：运用 TargetP, SignalP 预测信号肽区域，选出含有信号肽的蛋白序列，然后对该蛋白序列运用blastp 与SwissProt、tremble库进行注释。 膜蛋白的注释： 膜转运蛋白：运用BLASTp，将所有基因的蛋白序列与现有的膜转运蛋白进行注释（TransMemPort.protein.fa），然后根据膜转运蛋白的种类进行分类，并统计每个种类的数量。 GPCR：运用TMHMM，找出含有7- 9的跨膜区域（TM）的蛋白序列，然后运用blastp与GPCR 数据库进行注释。;A: 项目：酵母野生株与突变株重测序 野生株与突变株的差异可能只有几个位点的差异 问题：需要多少测序覆盖度？ 分析：根据我们现在的SNP?calling?pipeline，将真实的SNP变异与测序错误等背景噪音区分开，需要在该碱基位点达到10x以上测序深度。但检测点突变所需要的测序深度跟微生物基因组本身的特性，如重复序列、杂合度等有关系，无法一??而论。所以在野生株和突变株变异很小的情况下，我们建议全基因组平均测序深度50x以上，以便于发现所有可能的点突变。 如果合作伙伴能提供已发表的参考序列， 用于模拟组装测试。通过初步判断测序和SNP calling的难易程度，可以帮助我们更好的制订测序策略；如果没有ref. 若重测序数量众多，可以先挑一两株进行survey。 ;B: 项目：一株细菌测序 细菌中可能含有质粒 问题：有什么解决策略？ 分析：我们常规所指的细菌基因组测序，只是指对细菌染色体基因组进行测序。如果合作伙伴送过来的样品中含有质粒，线粒体，叶绿体DNA，这些DNA序列将可能被组装到Contig中。如果合作伙伴的研究目标主要是染色体基因组上相关的基因，这种情况对其研究目的影响不大，可以进行后续测序组装，并后期尽可能通过生物信息方法降低这种影响（利用ref.等）。如果合作伙伴也很关注质粒上的信息，建议其独立将质粒分离出来进行测序（另签合同）。 分离出质粒DNA，有专门的试剂盒（ Epicentre的Plasmid safe kit ）；而去除质粒DNA获得染色体基因组DNA有胶纯化和密度梯度离心这两种方法。实际上，去除质粒的难度很大，这两种方法也各有缺点。胶纯化回收率低，且有可能丢失信息。密度梯度离心如果基因组较完整，可以根据和质粒的沉降系数差异分离，但具体效果我们RD这边也没有做过。? ? ;C: 项目： 一株真菌框架图测序 组装分析发现培养基物种污染 问题：有什么解决策略？ 分析：根据合作伙伴提供相关信息配合进行组装和相关污染信息分析。因为污染严重，组装效果不理想。如果合作伙伴认为没必要进行合同后续的基因注释等分析，酌情只收相应的费用（扣除后续分析费用）。跟老师协商重新送样和另签新合同事宜。 ? 类似例子： 一株真菌精细图测序 组装分析发现该真菌可能为多倍体;Inquiry Cases;Thanks!