计算化学集群构建入门-南开大学结构化学精品课程.pdfVIP

计算化学 集群构建入门 张鋆 编 前 言 本教程的目的是为读者提供计算机集群组建及其在计算化学中的应用的入 门知识。我们将先讲一些基本概念，然后以最快的速度进入实践阶段，使大家能 够在最短的时间内迅速建立起一个可以从事高性能计算的集群。 本教程的主要内容是以普通的高端PC ，服务器，千兆网等多数实验室所能 负担的起的硬件为基础，介绍如何构建一个具有完整文件共享，并行计算和作业 排队与调度功能的高性能计算机集群。这个教程，可以为从来没有组装过集群的 读者提供一些入门的知识，从而可以在组内构建自己的集群而免去在别的地方 “交钱”“排队”的苦恼。 有人会问：自己组建的集群和付费购买机时的集群会不会性能有很大差异？ 这个严格来说取决于读者研究的体系。从单机计算的能力来看，高端PC 已经和 最好的单机相差不大，而并行方面，由于专业机构有高水平的优化工程师和性能 卓越的网络硬件（当然这一切是以高成本为代价的），普通的研究组一般难以到 达它们的水平。但是，对于计算化学科研领域，大多数组需要计算的体系，即使 是很大蛋白质的长时间动力学（如100000 原子的10