分子动力学模拟方法应用研讨.pdfVIP

摘 要 ，，—、f由于在一定温度的条件下，物质的分子总是处于不断运动的状态中的。分子动 力学模拟方法能够模拟分子的运动状态，成为研究分子间相互作用的一种重要方 法，近年来，随着计算机技术的发展，使得分子动力学模拟这种较为真实和直观的 ＼／ 方法的应用范围越来越广泛了。／ 本论文主要以如下四个方面的工作对分予动力学模拟进行了研究： 一、用分子动力学模拟方法研究磺酰脲化合物在溶液中的性质、 、、／由于药物分子通常在溶液中起作用，溶液中构象对其活性有很大影响。利用分 子动力学模拟的方法，研究各种磺酰脲类化合物在极性和非极性溶液中的构象情 况，并应用从头算的方法得到了这些构象的偶极距和其他一些性质，得到如下结 论： 磺酰脲化合物在极性溶剂中呈现出弯曲构象和伸展构象并存的情况，而在非极 性溶剂中主要处于伸展状态。在两种溶剂条件下，磺酰脲化合物的构象变化趋势导 致其偶极距与溶剂的偶极距的情况相一致，并且使能量最小化。同时，在各种情况 下伸展构象都占优势的主要原因在于伸展构象的分子运动自由度比较大。这也是体 现了利用分子动力学模拟方法比秘用一般的几何优化方法更能体现一定温度下分子 进行热运动条件下的构象特征。／ 二、环糊精与手性化合物间主客体相互作用的分子动力学模拟方法研究、 f为了研究超分子化合物的手性识别作用。利用分子力学和分子动力学模拟的方 法，对13一环糊精分子与～系列手性客体的相互作用进行了计算和研究，探讨了它们 的主客体间的相互作用和能量变化关系。 在对不同温度条件下的分子动力学模拟过程中构象变化的情况进行直观的认识 的基础上，研究了分子动力学模拟、建立在分子动力学模拟基础上的简单的模拟退 火的方法和旋转客体的方法等三种方法在寻找主客体配合物最低能量构象方面的应 用。计算结果表明针对所研究的环糊精手性主客体配合物体系而言，第一种效果最 好。并着重指出了在利用分子动力学模拟方法进行最低能量构象的搜索时，温度选 择的重要性。丫 三、以聚乙烯分子为例的高分子化合物的分子动力学模拟方法研究、 为了研究不同力场对分子动力学模拟的影响。分别利用Amber和OPLS力场在 不同温度条件下对聚乙烯分子进行了分子动力学模拟，发现不同的力场会产生截然 不同的模拟结果。在利用OPLS力场基础上，成功地模拟出了不同温度条件下，诸 如局部结晶、玻璃化等高分子化合物的性质。并在此基础上探讨了模拟退火方法和 周期性边界条件等在高分子化合物研究工作中应用方法。 四、分子动力学模拟的辅助程序的编制、、 i为了克服HperChem软件本身功能的不足，扩大研究范围，提高研究效率，编 写了一系列辅助程序，例如给添加溶剂分子的程序、角速度的调整的程序等，并在 本文和本课题组的研究工作中得到了很好的应用效果。， 关键词：分子动力学模拟，环糊精，主客体配合物，磺酰脲分子，溶液，聚乙烯 Abstract atsome molecular are inkineticstate molecules The always temperature．The and to intramolecular all method methodbecame simulation important study dynamics ofmolecule．These