差别剪接频率外显子的组成特征分析.pdfVIP

摘要 摘要 目前，选择性剪接已被用来作为人类和小鼠中蛋白编码基因数目和功能复杂 性之间的矛盾的一种解释。选择性剪接是在进化过程中在转录后水平上通过去除 或保留外显子，从而对基因表达进行调控的一种重要机制，目前的生物信息学研 究和实验研究都已经揭示了选择性剪接正在脊椎动物中以很高的频率发生。尽管 选择性剪接及其剪接机制都已被展示，并且顺式调控序列对于准确的剪切位点识 别和外显子定义的重要性也被详细的报道，但是对于发生不同的剪接频率的选择 性剪接外显子的调控机制还没有被广泛的研究，是什么导致不同的外显子发生分 化剪接?这些以不同的频率发生分化剪接的外显子是否经历着某些潜在调控元 件或潜在调控信号的分化调控?以往的研究总是把外显子总体分为选择性的和 组成性的两大类，在本文的研究中，我们把发生选择性剪接的人类和同源小鼠基 因的外显予根据剪接频率的不同分为四种类型，利用ESEfinder等生物软件和其 他各种生物信息学方法，以人类选择性剪接基因和同源小鼠基因为研究对象，对 其剪接频率不同的外显子做了大规模的组成成分分析，包括外显子剪接增强子 (ESEs)调控元件、外显子长度、GC含量和重复元件，来试图揭示外显子的各 种组成特征与外显子的不同剪接频率之间存在的潜在关系。结果表明，不同类型 的外显子有着不同的组成特征和调控特征，随着剪接频率的降低，外显子平均长 度增长，GC含量升高，剪接调控元件和重复元件也有较高的富集。这就表明， 剪接频率是很可能被这些调控因子所影响的，从而说明以往的将发生选择性剪接 的外显子总体分为两类就有可能忽视了不同剪接频率的外显子之间的区别。另 外，通过比较分析非选择性剪接小鼠基因与同源选择性剪接人类基因，我们发现， 剪接频率最低的外显子很有可能是最近新生成的选择性剪接外显子，它们将会随 着进化过程逐步获得功能和改变剪接频率。这些分析结果揭示了影响外显子剪接 频率的潜在组成特征，也为进一步解读新的选择性剪接外显子的生成、剪接选择 和转录调控提供了线索。 关键词：选择性剪接剪接频率外显子剪接增强予重复元件GC含量 同源基因 Abstract asone forthe Alternativehasbeen discrepancy splicing suggestedexplanation andthefunctional inhuman betweenthenumberof codinggenes complexity protein mechanismforthefine of and isan gene mouse．Alternative tuning splicingimportant atthe levelinthe or exons post—transcriptional byexcludingincluding expression studiesand studieshave courseofevolution．Recentbioinformaticsexperimental in the revealeda ofalternative