取代法计算多肽中N-H...O=C份子内氢键键能.pdf

取代法计算多肤中N-H…0=C分子内氢键键能 取代法计算多肽中N-H…0：C分子内氢键键能 论文摘要 氢键在生命过程中起着非常重要的作用，是化学和生物中最常见的名词之 一。氢键分为分子间氢键和分子内氢键。在理论上，分子间氢键可以利用超分 子方法计算其能量。但超分子方法不能用来计算分子内氢键键能。现在，已有 几种方法用来计算一些特殊体系中的分子内氢键键能，例如cis-trans方法、 reaction方法。但这些方法都不能应用于计算多肽和 ortho．para方法和isodesmic 蛋白质体系中的N．H…O=C分子内氢键键能。 本论文的主要研究任务是设计一种能够计算多肽和蛋白质体系中N．H…O =C分子内氢键键能的新方法(本论文中称为取代法)。在说明取代法的合理性后 应用此方法计算0【．和D．多肽结构中不同类型的N．H…O=C分子内氢键键能。论 文主要内容分为如下几个方面： (1)设计一种计算多肽体系中N—H…O=C分子内氢键键能的新方法。我们 用CH2基团取代多肽构象中形成N．H…O=C分子内氢键的NH基团，因此称此 新方法为取代法。对一些特殊体系，使用取代法，cis．trans方法和超分子方法计 算了氢键键能，取代法计算得到的氢键键能与cis—trans方法、超分子方法的计算 结果相符。 (2)计算伽多肽和p一多肽中N—H…O=C分子内氢键键能。详细分析了6个 洳多肽构象和14个p一多肽构象中N-H…O=C分子内氢键结构特点。应用取代 法估算了这20个a一和p．多肽构象中不同类型的N．H…O=C分子内氢键键能。 计算结果与这些构象中N．H…O=C分子内氢键结构特点一致。本文的计算结果 对深入研究洳和p一多肽构象的空间结构和稳定性有重要参考价值。 取代法计算多肽中N-H…0=C分子内氢键键能 代法，需要估算C．H…O--C分子内氢键键能。我们从每一个含有C—H…O=C 分子内氢键的结构中提取一个乙酰氨和丙醛二聚体，利用超分子方法计算 C．H…O=C分子间氢键键能。同时我们也计算了C．H…O=C氢键键能在N．H…O =C分子内氢键键能中所占的比例。 键能，取代法 取代法计算多肽中N-H…0=C分子内氢键键能 evaluatedmeansofthesubstitution by method，cis—transmethod，andsupermolecular intramolecular the approach．The by hydrogenbondingenergiespredicted substitutionmethodwellwiththevaluesobtainedthecis—transmethodand agree by the supermolecular approach． theintramolecularN—H…O=C (2)Evaluating hydrogenbondingenergies for伽and structuralfeaturesoftheintramolecularbonds p-peptides．The hydrogen forthesix andthefourteen were conformers conformers a-peptide 13-peptide detailed．The