蛋白质超二级构造库的建立及其序列统计分析.pdfVIP

摘 要 蛋白质是生命活动的物质基础，生命活动几乎都是通过蛋白质实现的，而蛋白质 的功能又与其结构紧密相关。所以知道一个蛋白质的结构对了解其功能是非常关键 的。 目前，在 Swiss-prot （8.7 版本）库中包含 3421677 个已知一级序列的蛋白质， 而在 PDB（2006.9.19）库中只包含 38882 个已知结构的蛋白质。实验测定的蛋白质 结构比已知的蛋白质序列要少得多。实验测定蛋白质结构主要有 X 射线衍射法、核 磁共振法等技术，但过程非常复杂，且代价较高。Anfinsen 提出假说：蛋白质一级 结构决定着蛋白质的空间结构。因此从蛋白质序列出发预测空间结构，揭示生物分子 数据的内涵是生物信息学的重要研究课题。但直接从蛋白质的序列出发来预测高级结 构仍很困难，尤其是三级结构的预测。已有报告表明蛋白质折叠主要由许多简单的超 二级结构单元构成，由超二级结构获得的结构信息可用于三级结构的预测。如果知道 了蛋白质简单超二级结构的模体构象，再预测三级结构，那么问题就会简单得多。所 以蛋白质超二级结构预测是从一级序列预测三维结构的桥梁。 本文主要工作是蛋白质超二级结构库的建立及其序列的统计分析：选取了 SCOP 数据库 1.69