细菌基因组内分类特异性寡核苷酸重复序列的研究 复旦大学.docxVIP

１Ｄ２２１３０学校代码：如２稻学号：０３２０１９０２９硕缀：：ｆ二留一。学，欠擎细菌囊一鳓魏瞧分冀特异性寡核尊羧重复尊列鲍研究塑銎塑一凝爨态物理夏立指导教师－宅｝次日期．郝柏林教授３００‘年．¨亏１０日摘要用计算生物学方法，我们对已测序的细菌完全基因组中的寡核苷酸重复序列作了详细研究。虽然重复序列在细菌基因组中所占比重不大，但它们仍然普遍存在，并且与细菌的生物许多功能密切相关。我们的研究表明，有些寡核苷酸重复序列在保持较高复制份数的同时具有很强的分类特异性。普遍在１２个碱基的长度左右，一些特殊的寡核苷酸序列就已经可以成为细菌属一级的特征序列。更长的寡核苷酸序列会更特异，往往能够成为细菌种，甚至是菌株的标签序列。我们在古细菌和真细菌中，分别给出了一些不同分类特异级别的单例。由于计算结果数据量庞大，很不直观，为了更好的共享研究结果，我们搭建了Ｔｓ０Ｒ服务器，提供即时的对于特异性寡核苷酸重复序列的查询，论文中给出了查询的范例。同时，这样的ＴｓｏＲ序列由于同时具有在基因组内较高的复制份数和限制分布在某一分类的细菌中的双重特征，使他们成为设计具有偏向性的全基因组扩增引物的很好候选。关键词细菌基因组重复序列数据服务器ＶＡＢＳＴＲＡＣＴＵｓｉｎｇｍｅｃ唧ｕｔａｄｏｎａｌａｐｐｍａｃｈ，ｗｅｓｔＩｌｄｉｅｄ山ｅ０１ｉｇｏｎｕｃｌｅｏｄｄｅｓ唧ｅａｔｓｉｎｃｕｒ＿ｒｅｎｔａｖａｉｌａｂｌｅｂａｃｔｅ