第17讲-基因组与比较基因组学PPT.ppt

第八章 基因组与比较基因组学(初步了解);8. 1 人类基因组计划;8. 1. 1 人类基因组计划的科学意义;8. 1. 2 遗传图（Genetic Map）;第一代DNA遗传标记是RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism，限制性片段长度多态性）。DNA序列上的微小变化，甚至1个核苷酸的变化，也能引起限制性内切酶切点的丢失或产生，导致酶切片段长度的变化。 由于核苷酸序列的改变遍及整个基因组，特别是进化中选择压力不是很大的非编码序列之中，RFLP的出现频率远远超过了经典的蛋白质多态性。而且，只要选择得当，生物体内出现共显性RFLP及RAPD分子标记的频率较高。 ; 第二代DNA遗传标记利用了存在于人类基因组中的大量重复序列 重复单位长度在15-65个核苷酸左右的小卫星DNA（minisatellite DNA）； 重复单位长度在2-6个核苷酸之间的微卫星DNA（microsatellite DNA），后者又称为简短串联重复（STR、STRP或SSLP，short tandem repeat polymorphism或者simple sequence length polymorphism)。 STRP的优点是“多态性”与“高频率”。由于(A)n，(CA)n，(CGG)n等短重复序列在进化上不受选择，在同一位点上可重复单位数量变化很大，配对时又容易产生“错配”，使这样的位点遍布于整个基因组。 已有5264个STRP为主体的遗传标记“连锁图”，平均分辨率已达600kb，其中第17号染色体上平均每495 kb有一个标记，第9号染色体上平均每767 kb有一个标记，整个基因组中只有三处标记间距大于4Mb。 ;占人类基因组约45%的重复序列来源于转座子复制机制。 序列分析表明，四类转座子产生了这些重复序列，其中前三类转座子以RNA为中间产物进行转座，最后一类则直接以DNA的形式转座。 LINEs（long interspersed elements）可能是人类基因组中最古老的重复序列，一般长5-6 kb，含有RNA聚合酶II启动子序列和两个可读框. SINEs（short interspersed elements）是非自主转座子，长约100~400 bp，其3’末端与LINEs有同源性，因此能依靠LINEs进行转座。 ; 第三代DNA遗传标记，可能也是最好的遗传标记，是分散于基因组中的单个碱基的差异，即单核苷酸的多态性（SNP），包括单个碱基的缺失、插入和替换： SNP中大多数为转换，即由一种嘧啶碱基替换另一种嘧啶碱基，或由一种嘌呤碱基替换另一种嘌呤碱基，颠换与转换之比为1：2。 SNP有可能在密度上达到人类基因组“多态”位点数目的极限。估计人类基因组中可能有300万个SNP位点！ SNP与RFLP和STRP标记的主要不同之处在于，它不再以DNA片段的长度变化作为检测手段，而直接以序列变异作为标记。 ;“遗传图”的建立为人类疾病相关基因的分离克隆奠定了基础。拥有5000多个遗传学位点，相当于把整个人类基因组划分为5000多个小区，并分别设置了“标牌”。如果在家系中证实该基因与某个标记不连锁（重组率为50%），表明该基因不在这一标记附近。 如果发现该基因与某个标记有一定程度的“连锁”（重组率小于50%但大于0），表明它可能位于这个标记附近。 如果该基因与某标记间不发生重组（重组率等于0），我们就推测该标记与所研究的疾病基因可能非常接近。 ;8. 1. 3 物理图（Physical Map）;8. 1. 4 转录图（Expression Profiling）;8. 1. 5 人类基因组的序列图（Human Genome Sequence）;8. 2 CLONE-BYCLONE法与鸟枪法序列分析技术的比较;8. 2.２ＣＬＯＮＥ－ＢＹ－ＣＬＯＮＥ法基因组序列分析技术;8. 2. ３鸟枪法基因组序列分析技术及其改良;鸟枪法测序的缺点： 随着所测基因组总量增大，所需测序的片段大量增加，各个片段重叠成一个连续体的概率是2n2-2n ;对鸟枪法的改进 (1) Clone contig法。首先用稀有内切酶把待测基因组降解为数百kb以上的片段，再分别测序。 (2) 靶标鸟枪法(direted shotgun)。首先根据染色体上已知基因和标记的位置来确定部分DNA片段的相对位置，再逐步缩小各片段之间的缺口。 ;8. 3比较基因组学（Comparative genomics）及功能基因组学研究;8. 3. 1 通过基因组数据进行全局性分析;人类基因的平均长度为27kb左右，含有8.8个长约145bp的外显子，内含子的长度却达到3365bp左右，3’非翻译区（UTR）的平均长度为770bp，5’