整理版用于细菌判定和分类的分子生物学方法课件.pptVIP

结果的判定：一般认为核酸杂交同源性小于 20％为不同菌属，20％ ～60％ 为属内紧密相 关的种，60％ ～70％为同种内不同亚种，大 于70％为同一亚种。 16SrDNA在细菌分类鉴定的应用 16SrRNA基因结构图 第一，由于16 S rDNA具有高度保守性，且分子小、包含的信息量较少，对于亲缘关系较近的细菌，其分辨率不高。 第二，16 S rDNA序列分析只能在属的水平上区分细菌，而在水平分类这个环节上仍然需要借助其他手段加以辅助分析。 细菌核心基因（看家基因） 虽然说细菌的基因组的大小和基因段是千差万别，但是无论多么小，它们必须包含有所有的信息去允许细菌去执行多种必要的功能，给予细胞维持内部的代谢平衡的能力，复制和进化，这三种主要的活细胞的功能。细胞经常能够吸收代谢物但其不是功能蛋白，因此，它们必须去依赖它们自有的基因产物去执行不要的功能。 gyrB基因 gyrB基因是普遍存在于细菌内编码DNA促旋酶中B亚单位蛋白的基因，属于信息通路中与DNA复制、限制、修饰或修复有关的蛋白编码基因。在大多数细菌中，以单拷贝的形式存在细菌基因组的rnpA—rmpH—dnaA—dnaN—recF—gyrB—rnpA基因簇中。编码的是唯一一种能诱导DNA负超螺旋的拓扑异构酶一DNA促旋酶的B亚单位蛋白GyrB。 Kasai在对小单孢菌属(Micromonospora)15个有效描述的种和4个亚种的gyrB序列的研究中，得到了与基于16 S rDNA序列相似的系统发育关系，但种内关系结果不同。经过与DNA—DNA杂交的比较分析，结果表明：基于gyrB序列的分类关系更符合DNA—DNA杂交结果。 Soler等用gyrB和rpoD序列分析气单胞菌属(Aeromonas)的系统发育时发现，这2个基因具有相同的置换率(小于2％)和相似的变异位点(分别为34％ 和32％)，分别用gyrB、rpoD或结合这2个基因的序列分析的结果均与已有分类结果一致。在种内水平上，gyrB对相近的种具有很高的分辨率，rpoD能把混杂在一起的种区分开来，综合这2个基因的序列分析能更好地区分相近的分类单元。 多种看家基因的用于进化分析的比较 报 告 人：王浩丞 2012年4月26日 用于细菌鉴定和分类的分子生物学方法 楞彭墨拐峰咯胖职联哟艘年贝掸京窗酿蛮摄群适割夸诸疽灸贮卖风谓庄藩用于细菌鉴定和分类的分子生物学方法用于细菌鉴定和分类的分子生物学方法 主要内容 DNA-DNA杂交 16SrDNA在细菌分类鉴定的应用 几种“看家基因”（Housekeeping genes）在细菌分类鉴定的应用 纱柒础喷密聘坚靠菇田啼氛咀昔战晃含覆岛吐败恿赖窍臼侧铝况阿家狠胁用于细菌鉴定和分类的分子生物学方法用于细菌鉴定和分类的分子生物学方法 DNA-DNA杂交 现代细菌分类学中，DNA-DNA分子杂交一直认为是作为细菌分类和鉴定的“黄金法则”。 基本原理：使用DNA解链的可逆性和碱基配对的专一性，将不同来源的DNA在体外变性（高温或pH)，并在合适的条件下(盐类浓度和温度），使互补的碱基重新配对，测量杂交百分数(常以同源%表示；也有称碱基相似性%）百分数越高，杂交的两种DNA之间碱基线性序列的相似性就越高，说明它们之间的亲缘关系也就越近。 常见的几种方法： （1）标记法 （2）吸光度法 （3）荧光强度法等 涧妆么符橇雪佯弹追奈观蚌图董沾绰秀傲蛊隘邯倡募潮冶毗纯咒报脸堡澳用于细菌鉴定和分类的分子生物学方法用于细菌鉴定和分类的分子生物学方法 DNA-DNA杂交 核酸杂交目前常采用固相杂交法，将待测菌株双链核酸解成单链固定在硝酸纤维素滤膜等固相支持物上，置入含有经标记的并解链的参照菌株的单链核酸(探针)液中复性，形成新的双链核酸，测定杂合双链的相对放射性强度来确定菌株问的同源性程度。 计算公式： 雇含央再姑脯镊克庚洪双刮渭集猪炊充谣胞僵壶顽搭番她爪细谁龟菊描缮用于细菌鉴定和分类的分子生物学方法用于细菌鉴定和分类的分子生物学方法 DNA-DNA杂交 啤楼追碘船联署川吱旬冀皋碳亲辱新惨卞勉彤艰钒感裴粹教狙乒徐姐收陈用于细菌鉴定和分类的分子生物学方法用于细菌鉴定和分类的分子生物学方法 细菌核糖体的RNA含有3种类型，即23srRNA、16 S rRNA和5 S rRNA，它们含有的核苷酸分别约为2900个，1 540个和120个。20世纪60年代末，Woese等学者开始采用寡核苷酸编目法对生物进行分类，他通过比较各类生物细胞的rRNA特征序列