基因组和蛋白组学技术-蛋白质组学 技术.pptx

蛋白组学研究常用方法 李学荣 中山医学院寄生虫学教研室 E-mail: 860923766@ 蛋白质组学的概念及研究内容 蛋白质组(Proteome) 由一个基因组(genome)或一个细胞表达的所有蛋白质(protein)。(特定条件下) （proteins expressed by a genome） 1994年由澳大利亚学者 Williams和Wilkins提出 蛋白质组学(Proteomics) 在蛋白质水平上定量、动态、整体性地研究生物体 对应于基因组的所有蛋白质构成的整体，不是局限于一个或几个蛋白质。 同一基因组在不同细胞、不同组织中的表达情况各不相同 。特定 在空间和时间上动态变化着的整体。 蛋白质组 (proteome) 蛋白质组学(proteomics) 指应用各种技术手段来研究蛋白质组的一门新兴科学，目的是从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成份、表达水平与修饰状态，了解蛋白质之间的相互作用与联系，揭示蛋白质功能与细胞生命活动规律。 主要研究内容 了解某种特定的细胞、组织或器官制造的蛋白质种类； 明确各种蛋白质分子是如何形成类似于电路的网络； 描绘蛋白质的精确三维结构，揭示其结构上的关键部位，如与药物结合并且决定其活性的部位。 表达蛋白质组学 “完全”蛋白质组学：目的是检测一种细胞类型或一种组织内基因组表达的所有蛋白质; “差异”蛋白质组学:主要是筛选和鉴定不同种类或状态下各样本之间蛋白质组的区别与变化. ... 在制药和疾病研究中潜力巨大 蛋白质-蛋白质相互作用 蛋白质相互作用的图谱化 （protein-protein interaction mapping) 蛋白质相互作用的网络图 功能蛋白质组学 蛋白质-其他分子相互作用 基因 酶的底物代谢物代谢组学 研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。代谢途径包括三羧酸循环（TCA），糖酵解，花生四烯酸 （AA）/炎症途径 激素 Ca2+ 人有2-3万基因 进 展 各国政府支持，国际著名研究和商业机构加盟： 1996年澳大利亚建立了世界上第一个蛋白质组研究中心（Australia Proteome Analysis Facility，APAF） 美国国立癌症研究院（NCI）投资1 000万美元建立肺、直肠、乳腺、卵巢肿瘤的蛋白质组数据库。 NCI和FDA共同投资数百万美元建立癌症不同阶段的蛋白质组数据库。 英国建立三个蛋白质组研究中心对已完成或即将完成全基因组测序的生物体进行蛋白质组研究。 美国马里兰州的私立公司Celera Genomics公司投资上亿美元独自启动了全面鉴定和分类汇总人类组织、细胞和体液中的蛋白质及其异构体，构建新一代的蛋白质表达数据库的工作。曾测序过的真核生物基因组包括果蝇基因组、人类基因组以及小鼠基因组。已在纽约证券交易所上市。 2003成立了中国人类蛋白质组组织（CHHUPO），于2003年9月召开了中国蛋白质组学首届学术大会。 20011年4月在浙江杭州召开了第三届国际蛋白质组学论坛。 2013年9月在重庆召开第八届中国蛋白质组学大会，主题：人类蛋白质组计划：让人类更健康 科技部已将疾病蛋白质组研究列入我国“973”计划项目和“863”计划项目；国家自然科学基金委员会也将“蛋白质组研究”列为重点项目。 我国在鼻咽癌、白血病、肝癌和肺癌蛋白质组研究方面取得了较大的进展。 HLPP - the second initiative but the first organ of human beings 希望2020年人类蛋白质组精细图问世 蛋白质组学常用研究方法 Proteomics Analysis Sample preparation ↓ Protein separation ↓ Processing Image Analysis ↓ Protein Identification ↓ PTM Identification (翻译后修饰) ↓ Protein quantification 蛋白质组研究复杂性和困难： 蛋白质数目大大超过基因数目。 蛋白质随时间和空间而变化。 发展高通量、高灵敏度、高准确性的研究技术平台是现在乃至相当一段时间内蛋白质组学研究中的主要任务。 当前主要任务 一、蛋白质组表达模式的 研究方法（表达蛋白组学） 研究蛋白质组的组成成分 支撑技术主要有双向凝胶电泳、以质谱为代表的蛋白质鉴定技术及生物信息学分析。 蛋白质组表达模式(expre