果蝇的核小体定位与基因调控-CMB.PPT

* Figure 4 | sequence-based packing versus statistical packing. a | Individual slots represent nucleosome positioning sequences that define where a nucleosome (grey circle) will reside on a length of DNA. b | In its purest form, statistical positioning relies on a single positional barrier (left side), against which nucleosomes are ordered. A probabilistic density trace of where nucleosomes would reside in a population is shown. c | The true cellular state is likely to be a combination of both independent and statistical positioning. * * 194 motifs * 110+35+52=197 motifs (194 succeeded) * * * * 中医药信息学： 主要运用生物信息和计算生物学技术来研究中医药药效物质基础和多成分，多靶点，多层次的网络型分子机理。 免疫信息学： 主要集中在挖掘抗体抗原分子识别和相互作用规律，抗原空间表位预测，和抗体药物合理化设计。 主要从事基因组学和表观遗传组学研究工作。绘制了第一张果蝇高分辨率全基因组核小体图谱，并阐述其在基因转录调控的作用。研究方向将利用高通量测序和基因组学的手段探索核小体动态定位、各种组蛋白修饰对果蝇胚胎发育、基因调控及重大疾病发生中的作用和分子机制。具体方向包括：1）核小体重排和染色质结构变化对果蝇胚胎发育的影响；2）组蛋白修饰在重大疾病发生中的作用机理；3）核小体排列分布及其在基因调控中的作用；等等。 主要从事生物信息学和表观遗传组学研究工作。研究方向包括：1）建立表观遗传组学数据中心和分析平台；2）表观遗传组的动态变化；3）在重要的生物过程中表观遗传组动态变化的生物学机理；4）表观遗传修饰在调控网络中的作用。 * 海外团队教授刘小乐是哈佛大学和Dana-Farber肿瘤研究所的副教授 刘小乐的研究工作侧重于转录与表观遗传调控的计算模型 . 她开发了一些被广泛应用和引用的算法分析 ChIP-chip/ChIP-Seq数据 ，寻找转录因子基序 ，研究核小体占用率以及组蛋白修饰 . 通过合作和系统模型她们研究基因调控在癌症，代谢疾病 ，老年化，免疫系统和干细胞中的重要作用。 李程 1995年毕业于北京师范大学数学系，主修计算机专业。2001年毕业于加州大学洛杉矶分校，获统计专业博士学位。2001年起在哈佛公共卫生学院及Dana-Farber癌症研究所的生物统计与计算生物学系从事研究。现任副教授。 研究方向：生物信息学、计算基因组学以及在癌症和神经科学领域的应用 海外团队教授李蔚目前担任Baylor医学院 Dan L. Duncan癌症研究所和分子细胞系的助理教授，以及NIH表观遗传组生物信息中心研究员，为总投资为1.9亿美元的NIH 表观遗传组路线图计划进行进度协调和数据分析。 * * 三个都影响到核小体定位 * * * * * * * 核小体变化机制不清：DNA甲基化，组蛋白修饰等 * * * 核小体定位决定基因时空上的精确转录表达 * 海外团队 刘小乐：Dana-Farber肿瘤研究所，哈佛大学 转录和表观遗传组学 12篇Nature/Cell系列 李程：Dana-Farber肿瘤研究所，哈佛大学 生物信息学、计算基因组学和在癌症和神经科学领域的应用 3篇Nature系列, BMC Bioinformatics, 2008 李蔚：Baylor医学院，NIH表观遗传生物信息中心 基因组学，转录和表观遗传组学 9篇Nature/Cell系列 兼职教授和其它 李亦学 上海生物信息学中心，上海生命科学院， 上海交通大学 李霞 哈尔宾医科大学 沈百荣 苏州大学 刘雷 上海生物信息学中心 生物信息本科，硕士，博士专业 973，863项目 Computer Cluster Illumina高通量测序仪 谢谢！ 主要表观遗传机制 DNA甲基化 组蛋白修饰 核小体定位 非编码RNA 该酶突变导致： Williams 综合症 发育迟缓， 智力发展迟缓 ， 早衰，走路笨拙 ， 有典型的脸部外观 染色质重塑酶：BRM