V3d使实时3d显示和定量分析大规模的生物图像数据集成为可能.doc

V3d使实时3d显示和定量分析大规模的生物图像数据集成为可能 Hanchuan Peng, Zongcai Ruan, Fuhui Long, Julie H Simpson Eugene W Myers 综述：V3d系统提供了在现代计算机上实时显示g级别的显微图像栈3D的功能。V3D通过结合人体工学功能直接定位3d空间图像和生物测量显示的方法来简化在线分析，测量和处理复杂的图像校对，比如使用覆盖面对象利用荧光探针。V3D运行在所有主要计算机平台上而且软件可通过插件增强，以解决具体的生物学问题。为了说明这个可扩展性，我们建立了一个V3D为基础的应用，V3D-Neuron，来从高清晰度图像的神经元结构的大脑进行复杂的神经元结构三维重建。V3D-Neuron可以在几分钟内精确数字化单个果蝇神经元的形态，拥有十七倍的可靠性增强和相对其他神经元重建工具来说十倍的时间节省。使用V3D-Neuron，我们证明了构建果蝇大脑的神经纤维束三维数字地图册的可行性。 图像定量分析正迅速成为高通量实验的瓶颈，这些实验寻求增加从不同颜色和一系列时间点的多荧光探针收集而来的新的先进三维显微数字图像的新视角。由于多维图像对象在形状和质地上的复杂性，图像数据的大规模性（现在每个图像栈一般在几百兆到几g之间），低或者有限信号的信噪比的图像数据和很多二维图像可视化和分析工具在更高的维数情况下并不适用等原因，这个任务经常很具有挑战性。 实时3d显示辅助分析可以很好的帮助一个调查员生产和校正在这些复杂的情况下的生物性的有意义的结果。很明显，可以同时显示大的多维图像数据集的高表现的软件工具允许用户将它们在计算机辅助行为下联系起来并做注解，然后解压缩数量分析结果。 很多现存的软件包，像Amira（Visage Imaging），ImageJ，Chimera，Neurolucida（MBF Bioscience）和Image Pro（MediaCybernetics)，可以被分类为这个显示辅助分析的类别当一个图像被认为有一个相对较小的容量或运行为2d表现时。这个可视工具包，是跟内部分割和注册工具包联合在一起的，并且对3d图像的显示辅助分析也有帮助。然而，这些工具的表现对多维图像或g级图像的数据集并不能很好衡量。 这里我们展示一个显示辅助分析系统叫做v3d，它是为了弥补这个缺憾而设计的。v3d有两个有特色的特性。首先，它包括一个足够快的可视化引擎在基本的电脑上来实时读取g级，3d容量的数据，可以衡量很大的数据。第二个，我们找到了在观看3d图像时用一或两下鼠标的点击直接定位xyz坐标的方法。而以前的工具则只能在2d图像中这么做或者在一个昂贵的立体观察系统中用一个虚拟鼠标来实现。这两个特点合起来使v3d适合表现复杂的多维图像模型分析，在一个用户效能的方式下。我们通过做出针对神经科学的一套工具——V3D-Neuron来证明v3d的强大功能。我们应用v3d-neuron来重建一个3d神经结构和制造一个果蝇大脑中轴突束的3d数据图谱。 结果： 实时3d显示大规模多相数据 跨平台的v3d可视化引擎反映多相数据，包括3d，4d，5d容量的图像数据和各种3d表面的物质。这些能力的证明在数据1a（还有补充的视频1）中，这个数据是在一个单独的3d视图里表现果蝇的一个多信道的图像栈，一系列的表面物质相当的大脑各部分和一些独立的重建的神经元。 v3d可以通过几种不同的方法反映图像的强度和颜色。对那些图像栈的多维强度数据，v3d可以反映一个最大强度的投影，一个alpha混合投影和一个多部分的视角，还有允许的反复的穿过图像栈的切位面。对颜色信道来说，经常和不同的荧光分子联系在一起，v3d对改进的视觉化提供颜色定位功能。v3d支持4种不同的“模型”物体：（1）不规则的网状表面（就像一个大脑各部分或一个原子包装的模型物体），（2）球体（就像一个简单的像细胞和原子的球状物的代理），（3）纤维性的，管状的或者有复杂分支和连结结构的网状结构（用来描述树状神经元或者其他相关的数据或表面物体的图像），和（4）标记（用来代表各种xyz坐标和经常被用作引导图像分割，追踪，记录和注解）。在一个基于强度的多维图像上，任何这些物体的收集的集合能够被映射成不同的颜色，样式和不同的分组。我们已经利用这些特性来描述一系列的显微图像的数字模型，像一个Caenorhabditis elegans 的3d数字原子图谱模型和数据1a描述的果蝇大脑的脑图。 v3d允许交互的旋转，放大缩小，和移动只要通过电脑的鼠标。v3d可视化引擎的速度是它具有很高可用性的关键因素之一。众所周知，3d容量分析图像可视化是可计算的昂贵。为了使g级容量分析图像数据的实时3d反映成为可能，我们首先优化4d红绿蓝图像的同步映射，通过opengl 2d或3d在最高