分子动力学、过渡态搜寻、能阶修正9.docVIP

1. 先製作一個 H2 的模型，其預設鍵長恰為 0.74 埃 2. 為了讓縮放過程明顯我們先改變 H2 的鍵長。先在 Properties 的 Distance 中雙點 Distance，將值改為 0.8 埃 3. 如圖我們可見到 H2 的鍵長已變為 0.8 埃  4. 再來就要進行計算。CASTEP Tools-Calculation 5. 在 Setup 中，運算分子動力學時，Task 我們要選擇 Dynamics。而為了運算方便我們 Quality 選擇 Coarse， Functional 選擇 LDA 。然後點選 More...，進行 Dynamics 的進階設定 6. 如圖我們可以看到 Ensemble 有 4 種方法，在此我們只看 H2 在真空中振動的模式(為獨立系統與外界無熱交換)，所以我們使用 NVE (粒子數、體積、總能固定)就可以 7. 另外 Number of steps 使用 20， 以加速計算 (只看個少步數的動態就行) 7. 再來於 Job Control 中選擇要運算的機器，我們使用本機電腦就行，點選 Run 後便會開始進行計算 8. 因為運算結果會以動畫方示呈現，所以請先確定 Animation 工具列是否開啟。點選 View-Toolbars-Animation  9. 開啟後便會見到如圖所示的工具列 10. 當 Job 運算成功後，在 Project 中雙點 Job_Name Trajectory.xtd 開啟此檔 11. 我們便可見到如下圖所示的視窗 12. 再來我們想看分子動力學的變化我們只要點選 Animation 工具列的 Play，便會進行播放。此時我們可以看到鍵長會有動態的改變 13. 如果播放速度太快，可以於 Animation 工具列的 Animation Mode 中點選 Options 設定  14. 將 Playback speed 往 Slow 方向拉變會降低播放速度 1. 先建造一個 反應物的模型，在此我們用的例子是 H2 吸附於 Pd 表面 (模型建造請參考 Help 中的Transition state searching using LST/QST tools)，命名為 reactants  2. 再建造一個生成物的模型 (模型建造請參考 Help 中的Transition state searching using LST/QST tools)，命名為 products 3. 反應物及生成物視結構最佳化後，將反應物與生成物的模型皆開啟，選擇 Tools-Reaction Preview，開啟 Reaction Preview 對話框  4. 用游標按下在 Reactant 選項右方的下拉箭頭後載入反應物的結構 reactants，點擊後即選定；同上，使用游標按下在 Product 選項右方的下拉箭頭後載入生成物的結構 products，點擊後即選定。然後按下 Match...  5. 便會跳出 Find Equivalent Atoms 對話框，此對話框是要比對反應前後的反應物以及生成物的結構，其中包含的原子各自的位置對應關係。在此對話框中可以分為左邊為反應物而右邊為生成物中各包含哪些原子的預覽窗格；其中在綠色資料夾裡面的是已經比對完成的原子，而在紅色資料夾中的則是尚未比對完成的原子。 先點選 Auto Find 進行自動比對，再手動比對未完成的原子 (選擇原子時，模型中的對應原子會變色顯示以便核對)。如圖未完成比對的部份先雙點 2xH 後選擇 reactants 中的 7:H 再選擇 products 中的 7:H7 後點選 Set Match，便會完成配對  6. 依上一步再逐一手動比對未完成的原子 7. 剩下的原子只需選擇 Auto Find 就能自動比對完成了  8. 最後如圖所示已全部比對完了。總之，Find Equivalent Atoms 對話框的動作主要是使用下方的 Auto Find 功能進行自動比對，或是在上方反應物以及生成物各別的預覽窗格的紅色資料夾中自己選定想要比對的原子 (每次的反應物以及生成物中的原子各自都只能選擇一顆)，使用游標按下下方的 Set Match 選項，即可完成一組反應物以及生成物中的原子比對，若是比對錯誤，可以使用游標按下 Reset 來復原先前的比對動作；如此逐次完成比對的工作直到紅色資料夾中再也沒有未比對完成的原子，即可關閉 Find Equivalent Atoms 的視窗。 9. 此時回到名稱為 Reaction Preview 的對話框中，其中的 Number of frames 可以選擇要產生的 Trajectory 的檔案所使用的連續動作的畫面張數，而