第五章 数量性状的分子标记（张晓军 严敏）.pptVIP

* 第五章 数量性状的分子标记 张晓军/严敏 作物中大多数重要的农艺性状和经济性状如产量、品质、生育期、抗逆性等都是数量性状。与质量性状不同，数量性状受多基因控制，遗传基础复杂，且易受环境影响，表现为连续变异，表现型与基因型之间没有明确的对应关系。因此，对数量性状的遗传研究十分困难。 数量性状的遗传 P1 P2 F1 F2 X 不遵循孟德尔定律，F2连续分布。 多基因控制。 基因效应小，但呈累加作用。 控制数量性状的基因在基因组中的位置称为数量性状基因座(QTL)。 传统的方法是用平均值和方差来反映数量性状的遗传特征，无法了解单个基因的位置和效应。 利用分子标记进行遗传连锁分析，可以检测出QTL的位置和效应，即QTL定位(QTL mapping)。 借助与QTL连锁的分子标记，就能够在育种中对有关的QTL的遗传动态进行跟踪，提高育种中对数量性状优良基因型连择的准确性和预见性。 QTL的精细定位与图位克隆。 第一节 数量性状基因的初级定位 QTL定位就是检测分子标记与QTL间的连锁关系，同时还可估计QTL的效应。 QTL定位研究常用的群体有F2、BC1、RI和DH。这些群体可称为初级群体(primary population)。 用初级群体进行的QTL定位的精度通常不会很高，因此只是初级定位。 一、QTL定位的基本原理和方法 QTL定位的原理: 其基本原理仍然是对个体进行分组，但这种分组是不完全的。 根据个体分组依据的不同，现有的QTL定位依方法可以分成两大类: 1)基于标记的分析法(marker-based analysis) 以标记基因型为依据进行分组 2)基于性状的分析法(trait-based analysis) 以数量性状表型为依据进行分组 （一）基于标记的分析法 原理: 如果某个标记与某个QTL连锁，则在杂交后代中，该标记与QTL之间就会发生—定程度的共分离，那么在该标记的不同基因型中，QTL的基因型频率分布(分离比例)将不同,因而在该标记的不同基因型之间，在数量性状的分布、均值和方差上都存在差异。 通过检验标记的不同基因型之间的差异来推知标记是否与QTL连锁。 DH群体中某QTL的基因型QQ和qq在连锁标记基因型MM和mm中的频率分布(分离比例)，r为标记与QTL间的重组率。仅当r＝0.5(亦即标记与QTL间没有连锁)时，QQ和qq在MM和mm中的频率分布才相同。 （2）基于性状的分析法 原理:利用极端类型个体分析 将大多数的中间类型淘汰，则高值和低值两种极端表型的个体就可以明确地区分开来，分成两组。 对每个QTL而言，在高值表型组中应存在较多的高值基因型(如QQ)，而低值组中应存在较多的低值基因型(如qq)。 如果某个标记与QTL连锁，那么，该标记与QTL之间就会发生—定程度的共分离，于是其基因型分离比例(频率分布)在两组中都会偏离孟德尔规律，用卡平方测验方法对两组或其中一组检验这种偏离，就能推断该标记是否与QTL连锁。 采用BSA的做法：将高值和低值两组个体的DNA分别混合，形成两个DNA池，然后检验两池间的遗传多态性。在两池间表现出差异的分子标记即被认为与QTL连锁。 基于性状的分析法的原理： 在DH群体中，QTL连锁的遗传标记的两种基因型的分离比例在高值组和低值组中都会偏离1：1的孟德尔分离规律，其电泳带型在高值组DNA和低值组DNA间也会表现出差异，且分别与高值亲本和低值亲本相似。 基于性状分析法的优缺点 优点： 1）可以大幅度减少需要检测的DNA样品的数量，从而降低分子标记分析的费用。 2）特别适合于抗性(包括抗病、抗虫、抗逆)性状的基因定位。 这是因为，抗性鉴定试验常常造成敏感个体(基因型)的死亡，只有具有抗性的个体才能够存活，于是只能对表现抗性的极端个体进行分子标记分析。 缺点： 只能用于单个性状的QTL定位，且灵敏度和精确度都较低。 二、QTL基于标记的分析方法 均值差检验法 性状－标记回归法 性状－QTL回归法 性状－QTL－标记回归法。 三、QTL定位的计算机软件 QTL定位涉及到相当复杂的统计计算，需要处理大量的数据，这些工作必须靠计算机来完成。 QTL分析通用软件是Mapmaker／QTL，它是针对区间定位法而设计的。此后，陆续开发出了许多QTL分析软件，如QTL Cartographer、PLABQTL、Map Manager、QGene、MapQTL等。 四、提高QTL定位灵敏度和精确度的方法 一个QTL的存在是通过它的表型效应体现出来的。