大肠埃希菌O157H7 tir基因的生物信息学分析.ppt

生物信息学是生物学与计算机科学和应用数学等学科相互交叉而形成的一门新兴学科。通过对生物学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析，从而揭示数据所蕴含的生物学意义。利用计算机软件，对核酸和蛋白质的特征性序列和结构进行扫描和分析，应用于核酸和蛋白质序列排列、基因发现、基因组装、蛋白质结构预测、基因表达预测、蛋白—蛋白间相互作用、进化方式等方面的研究，从而预测核酸和蛋白的结构和功能。 基因组生物信息学 结构生物信息学 功能生物信息学 进化生物信息学 第一部分 第二部分 第三部分 第四部分 从美国国立生物技术信息中心NCBI网站 (/Genbank/index.html) GenBank上查找 第一部分 第二部分 第三部分 第四部分 运用在线网络服务器蛋白分析专家系统Expasy（/tools）所提供的蛋白组学和序列分析工具，预测蛋白分子量、等电点、功能域、一级结构和二级结构等。 ProtParam: 预测Tir的理化性质，如分子量、等电点、氨基酸组成、在溶液中的稳定性以及重组产物在细菌、酵母和哺乳动物细胞中的半衰期等。 MotifScan: 预测一级结构中糖基化、磷酸化、脂酰化等修饰位点和模序。 InterProScan: 扫描一级结构中包含的结构和功能域特征序列。 PredictProtein: 预测氨基酸序列的跨膜区和拓扑结构以及二级结构、分子的亲水性、溶液中的分子形态等。 SWISS-MODEL、3D-PSSM: 分别通过二级结构比对和折叠，模拟或模建蛋白质的空间构象。 结果 理论相对分子质量和等电点分别是58022.4Da和5.01。 当成熟肽N端的第一个氨基酸为蛋氨酸时, 在哺乳动物网状红细胞体内表达的半衰期为30 h, 在酵母菌和大肠埃希菌中体内表达的半衰期分别20h和10h。 在溶液中的不稳定指数为39.79，低于域值40，在溶液中性质稳定。 脂肪族指数69.62，总亲水性-0.564, 蛋白质总体亲水性高。 结果 InterProScan分析该氨基酸序列含有三个结构和功能域，即Tir的N端和C端以及中间与Intimin结合的M区。 结果 Sec（secondary structure）预测α螺旋（H）、β折叠（E）和无规卷曲（L）的比例分别是22.76:17.38:59.86，二级结构以无规卷曲为主。预测每个氨基酸的溶剂可及性(solvent accessibility,ACC), 超过16％的表面暴露的定义为暴露氨基酸(ｅ)，其余为包埋氨基酸（b）。结果显示，40.77％的氨基酸残基暴露在溶液界面，其余的氨基酸残基包埋在蛋白质内部。 结果 Swiss-model将EHEC O157:H7 Tir与蛋白结构数据库中的蛋白质三维结构进行匹配，输回模拟的Tir与Intimin结合M区的三维结构图。 第一部分 第二部分 第三部分 第四部分 利用服务器http://www.cbs.dtu.dk，使用Phobius工具预测Tir的穿膜螺旋所在区域。 　　预测结果显示，在第231～255位aa和第361～383位aa之间有2段跨膜结构，在第1～230 aa和第384～558 aa在细胞质内，在第256～360 aa在细胞膜外。 结果 第一部分 第二部分 第三部分 第四部分 利用B细胞表位在线分析软件（/tools）预测蛋白质的B细胞表位。 抗原表位（epitope）是抗原分子上的一个免疫活性区，负责与免疫细胞表面的抗原受体或抗体分子结合，是蛋白质抗原性的物质基础。 结果 　　结果表明，预测分值最高的B细胞线性表位区域位于256aa～297aa，分值达3.035；其次是533aa～556aa，5aa～43aa，493aa～517aa，185aa～227aa，386aa～441aa间。