Application of a Genetic Strain Typing Analysis for Infectious ：一个基因分型分析菌株感染中的应用.pptVIP

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2018-06-23 发布于浙江
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Application of a Genetic Strain Typing Analysis for Infectious ：一个基因分型分析菌株感染中的应用.ppt

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Application of a Genetic Strain Typing Analysis for Infectious ：一个基因分型分析菌株感染中的应用

Transfer IHN virus genetic strain typing technology to fish health managers * Gael Kurath Western Fisheries Research Center Seattle, Washington Fish Disease as a limiting factor in the Columbia River basin : IHN Steelhead juveniles - frequent outbreaks Outbreaks in E.S.A. listed stocks: 1995 Lookingglass chinook smolts 2002 Sawtooth chinook juveniles 2002 Bonneville Redfish Lake sockeye Recently IHNV in chinook juveniles and coho Steelhead and chinook adult carriers IHNV Genetic Typing Method Mid-G nucleotide sequencing ...AACATGGTCTTCGAGCTC... ...AACATCCTCTTCGAGCCC... ...AACATGGTCTACGAGCCC... ...AACATGGTCTACGAGCCC... Viral RNA ~11,000 nt N P M 3’ NV 5’ G L 303 nt C11n7 C13n8 C10n7 C25 C1pOn2 C7n2 Col80 Col85 SRCV C18 C9COn4 C2 0.005 substitutions/site PAUP 4.0b, Neighbor-Joining, bootstrap 1000 80 R6 RBdn3 A16AWn3 A40W11n37 A20 A21Wn2 A22 A41 W15n2 W18n3 A26n2 W21 W1n2 W57 Bk Bl W80n2 W83 A12ABn6Jp A13 A42 R24 R39 R42Wn3 A30 A38n2 A34 W19ABWn26 LR73Rns W10 A23Wn5 Bsn3 W68 W76 R7 RB1WRSOCn26 RB76 S29 O99 77 80 85 85 FF11 FF12 FF14 FF7n2 FF2 FF85 FF17 FF18 FF19n2 S49_ FF114n2 FF136n3 FF152 FF86 FF88 FF104 FF177 FF178 FF25n2 FF35n2 FF4n3 S21 FF21 FF6 FF3n2 FF5n2 R3RWn3 R5 FF10n3 FF191 CST WRACFFn6 193110 FRref FF51 ITref LR80RSn9 S20pFF90 FF52 HO7 FF84RBr FF53 84 88 71 99 U clade M clade L clade IHNV Phylogeny 180 107 36 Distribution of U and M clade IHNV in the Basin IHNV Strain Typing at WFRC: Epidemiology Reports Provided 18 reports to fish health managers since 1997 Management Agencies served: WDFW, ODFW, IDFG, USFWS Increasing demand in CRB: 2001 – 2002, nine reports involving 89 IHNV isolates Objectives Continue to provide IHNV strain typing on a case-by-case basis at WFRC for the next two years 2. Conduct focus studies of IHNV epidemiology at specific sites of interest in the Columbia River basin. 3. Transfer IHNV genetic strain typing technology to management agency fish health laboratories. 4. Develop and implement a web-accessible IHNV datab