拟南芥和大白菜YABBY蛋白家族生物信息学分析.docVIP

拟南芥和大白菜YABBY蛋白家族生物信息学分析 　　摘 要：YABBY基因家族是一类含有C2C2锌指结构域和YABBY结构域的转录因子，在植物叶器官发育过程中起到重要的调控作用。本研究利用生物信息学的方法对拟南芥和大白菜YABBY基因家族的结构、系统进化、序列保守性以及顺式反应元件进行了分析。主要结果如下：YABBY基因在拟南芥和大白菜染色体上呈不均匀分布；基因的结构以含有6个内含子为主要形式；所有拟南芥和大白菜YABBY基因都具有保守的C2C2锌指结构域和YABBY结构域；YABBY蛋白家族在进化上可分为4个不同的亚组；YABBY基因的启动子序列中存在多个能够响应不同激素和逆境信号的顺式反应元件。本文为进一步研究YABBY基因在大白菜叶球发育中的调控作用和逆境响应中的功能奠定了基础。 　　关键词：拟南芥；大白菜；YABBY基因；生物信息学分析 　　中图分类号：Q754 文献标识号：A 文章编号：1001-4942（2012）12-0001-06 　　Bioinformatic Analysis of YABBY Protein Family 　　in Arabidopsis and Chinese Cabbage 　　Li XiaoBo1， Yang CuiCui2， Qiu NianWei2* 　　（1. Department of Medical and Technology， Zaozhuang Vocational College of Science and Technology， 　　Tengzhou 277500， China； 2. School of Life Science， Qufu Normal University， Qufu 273165， China） 　　Abstract YABBY gene family is one kind of transcription factor featuring the existence of C2C2 zinc finger and YABBY domains， which plays important roles in regulating the development of leaf organ. In this study， the structure， phylogeny， conserved sequences and cis-acting elements of YABBY genes in Arabidopsis and Chinese cabbage were analyzed using bio-informatics. The main results were listed as follows. The YABBY genes distributed unevenly on the chromosomes； most of YABBY genes contained 6 introns； all YABBY genes contained conserved C2C2-zinc finger and YABBY domains； the YABBY gene family could be divided into four sub-family groups； there were many cis-acting elements， which responsed to hormones and stress signals， existing in the promoter region. This research laid a foundation for functional dissection of YABBY genes in Chinese cabbage leafy head development and stress response. 　　Key words Arabidopsis； Chinese cabbage； YABBY gene； Bioinformatic analysis 　　大白菜（Brassica rapa L ssp pekinensis）是我国乃至世界性的重要蔬菜作物之一，其叶球是最主要的食用器官。叶球的发育过程表现为叶片向上向内卷曲。揭示叶极性或叶卷曲发生的基因调控机制对遗传上控制叶的大小、形状和姿态，改良叶平展度或卷曲度等遗传性状，具有重要的理论意义和实用价值，是进行大白菜分子育种亟待解决的关键问题。 　　叶在空间三维轴向上的极性，包括基-顶轴（proximal-distal axis）、中-侧轴（medial-lateral axis）和近-远轴（