药物设计学第十章 基于化学基因组学的药物设计_PPT课件.pptVIP

第十章 基于化学基因组学的药物设计 cpu_congwei@163.com 上世纪中叶，科学家通过实验证明DNA是遗传物质；随后DNA双螺旋结构、中心法则等一系列研究成果的提出，遗传信息的携带者——基因——成为人类生命科学研究的重点。 而人类基因组计划的顺利完成，使人类第一次在分子水平上全面认识了自己，从此开始了后基因组时代。 本章将从化学信息学入手，重点对研究“从基因到药物”转变的化学基因组学技术进行论述。 化学 生命 科学 内容提要 第一节 化学信息学 第二节 生物信息学 第三节 化学基因组学与药物设计 第一节 化学信息学 一、化学信息学的基本定义 二、化学数据的分析和化学数据库的创建 三、先导化合物的发现与结构优化 四、类药先导物的筛选与ADMET 化学信息学是化学科学的一门新的、交叉领域的分支学科，它的产生与发展是基于化学信息量指数般增长，特别是组合化学及高通量筛选的迅速发展。 化学信息学的产生与发展是与药物研究与开发息息相关的，但它的应用却覆盖了化学学科的各个领域。对化学信息学的研究也成为热门方向之一。 经历了多年的发展，化学信息学已经取得了巨大的成就: 为化学家们提供了许多必备的工具(化学数据库、化学制图软件)； 从传统的研究领域(合成设计、结构解析、定量构效关系的研究)，逐步扩展到一些新的领域，(虚拟组合化学、虚拟筛选、ADMET、全新药物设计) 。 二、化学数据的分析和化学数据库的创建 2.1 化学数据的分析 化学信息学是为解决化学领域中大量数据处理和信息提取任务而结合其他相关学科所形成的一门新兴学科。 这门新兴学科是在化学计量学和计算化学的基础上演化和发展起来的，并吸收和融合了许多学科的精华。 化学计量学 运用数学、统计学、计算机技术以及其他相关学科的理论与方法，优化化学量测过程，并从化学量测数据中最大限度的提取有用的化学信息。 QSAR quantitative structure-activity relationships 一种借助分子的理化性质参数或结构参数，以数学和统计学手段定量研究有机小分子与生物大分子相互作用、有机小分子在生物体内吸收、分布、代谢、排泄、毒性等生理相关性质的方法。 计算化学是应化学数据定量分析的需要而产生的，它为化学信息学提供数据计算和信息解析工具。 一般而言，计算化学需要满足两个基本要求： ①准确求解问题； ②快速求解问题。 2.2 化学数据库的创建 化学信息可分为与传媒有关的信息及与物质有关的信息。 化学信息的形式包括：文字、符号、数字、形貌、图形及表格等。这些化学信息最主要的组织、管理形式是形成数据库。 化学数据库的创建包括化学信息的创建、存储和展示。 随着人类进入后基因组时代，化学信息学得到了飞速的发展，各种化学信息数据库的创建也有很大发展。 世界上许多著名的公司都建立了化学信息系统和化学数据库。中国科学院化学部也建有专门的化学数据库。 近年来，我国也非常重视中药数据库的建立和完善，并取得了初步的成果。 数据库 分子文库计划（美国国家健康研究院） 小分子生物活性数据库（哈佛大学） 蛋白质结构信息集成检索数据库 药物数据库、药物与天然产物数据库（中科院上海有机所） 世界药物索引 致癌性数据库 化合物结构数据库 化学反应数据库 毒性化合物数据库（中科院上海有机所） 中药化学数据库（中科院过程工程研究所） *ACS数据库(http:)中与药物化学或合成有关的杂志 Journal of American Chemistry Society Journal of Medicinal Chemistry Journal of Organic Chemistry Organic Letters Organic Process Research Development Journal of Natural products *ELSEVIER数据库(http:)中与药物化学或合成有关的杂志 Bioorganic Medicinal chemistry Bioorganic Medicinal Chemistry Letters European Journal of Medicinal Chemistry Tetrahedron Tetrahedron Letters Tetrahedron: Asymmetry *John Wiley(http:)数据库中与与药物化学或合成有关的杂志 Angewandte Chemie International European Journal of Organic Chemistry *RSC ()