分子遗传学 遗传的物质基础 2.ppt

DNA序列测定 末端终止法--待测单链DNA 模板 引物 四种dNTP(其中一种用32P/35S标记) 终止剂(ddNTP) DNA聚合酶 Sanger发明：两次获得诺贝尔奖 ddNTP的3’端缺乏羟基，由于ddNTP与引物的结合，使得引物链无法继续延伸，分别得到ddA ddT ddG ddC结尾的片段 4. DNA一级结构的重要意义 蕴藏了遗传信息（以密码子的方式）; 决定了DNA的二级结构和空间结构 从结构与遗传学功能的关系看,从一级结构中得到的许多信息都需要用二级结构和空间结构来进行解释;还有大量的遗传特征需要从二级结构和空间结构上加以发掘.二级结构和空间结构将成为弄清生命遗传奥秘的主要研究领域. 水分子能相互形成氢键。如果一种分子能与水形成氢键，则能溶于水。然而这种分子与水之间的氢键并没有水分子之间之间氢键那样牢固。因此即使是极性最强的物质，其溶解度一般也是有限的。当把不溶于水的（即不能与水形成氢键的）有机分子放入水中，这些分子靠van der Waal力彼此附着。实际上在水中很难插入不能形成氢键的有机分子。然而DNA是一个大分子的高聚物，其主链是亲水，并能与水分子形成氢键。然而，嘌呤环和嘧啶环本身却带有一定程度的疏水性，一个疏水的分子插入水中，必然引起一个有序的以氢键相连的水分子层绕着，这就意味着熵值的减少，从热力学第二定律来看不可能是一个自发的过程。如果这些不溶性的环状物相互联合，则可以使有序的水分子壳层减小到很低的数值，使得所有的分子（水和溶质）的熵值更大一些，因此，DNA相邻碱基就有相互堆集在一起的趋势，这是形成碱基堆集力的重要因素之一。 碱基堆集力形成的原因 另一方面，由于双螺旋结构中相邻碱基垂直距离为3.4A，而嘌呤和嘧啶环的van der Waal半径恰好为1.7A,这样van der Waal力加强了疏水作用力。两个原子间的van der Waal力是没有什么实际意义的。然而若干对原子，特别是DNA链中的大量的嘌呤环和嘧啶环，其积累的van der Waal力是相当可观的，是构成碱基堆集力的另一个重要因素。 关于碱基堆积作用，人们还发现如下事实： 1）加入能减弱疏水作用的试剂可以消除碱基堆积作用; 2） DNA样品加热时,碱基堆积作用减少,同时伴随A260的增加; 3）能够断裂氢键的试剂对于单链DNA的碱基堆积作用没有影响,但是将双 链DNA碱基堆积作用减少到变性DNA的程度. 从以上的事实得出结论： 双链DNA中的碱基比单链DNA中的碱基堆积程度更高,这是由两条链的配对碱基之间的氢键所引起的 氢键和疏水作用力都易被热运动所减弱和破坏; 当所有的碱基指向正确的方向时，可以达到最大的氢键键合；同样，如果碱基不能歪斜或摆动，则能提高碱基堆集作用。很明显，已堆集的碱基更容易氢键键合；相应地，已被氢键定向的碱基更容易堆集。 因此，两种作用力相互协同,形成一种非常稳定的结构。如果一种作用力被消除，则另一种作用力大为消弱。 平时制备的DNA也总是DNA的钠盐，每个磷酸基总是结合一个Na离子。在用NaCl和CsCl测量DNA分子量时，就会得到不同的数值，二者之比为0.75。因为单核苷酸的平均分子量为330，若是钠盐则为353，若是铯盐则为467。353/367=0.75。这就是一个有力的证据，证明磷酸基总是和正离子结合 4.碱基分子内能 温度等因素使碱基分子内能增加时，碱基的定向排列遭受破坏，从而消弱碱基的氢键结合力和碱基的堆集力，使DNA双螺旋结构受破坏 又如，生命有机体选择UAA作为最有效的终止密码子绝不是偶然的，因为在64个三联体密码子中，它与反密码子(假如有的话）形成的互补产物的Tm值是最低的一个，即使在生理温度下也是不稳定的。当初有人花很多功夫去寻找一个不携带氨基酸的专供肽链肽链终止用的tTNA，其时并不存在这种tRNA。肽链的释放是由释放因子RF在起作用。在三种终止密码子中，UAG和UGA常会为突变型的tRNA无义抑制，而UAA则很少发生无义抑制也可能就是由于它的Tm值过低的原因。这也就说明了为什么在肽链终止处常常会出现双重终止密码子。 第五节 DNA双螺旋结构的呼吸作用 B型是用生理盐浓度的DNA溶液抽成纤维，然后在92%的相对湿度下进行X光衍射测定出来的。B型构象是右手双股螺旋，每圈螺旋10个碱基，螺距34A, 碱基平面基本上与螺旋轴垂直，螺旋轴穿过碱基对。大量的工作证明在溶液中的DNA确实是采取B构象，据信细胞DNA也是主要采取B构象。 然而，细胞并不是均一的溶液，而且细胞中的DNA常常与蛋白质紧密结合，在某些区域发生构象的改变是完全有可能的。除B构象外，人们还发现A构象、C构象、D构象和E构象等右手