水稻白叶枯病抗性基因Xa23的分子标记优化和应用.doc

水稻白叶枯病抗性基因Xa23的分子标记优化及应用 摘要：结合生物信息学的方法，对水稻白叶枯病（ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ ｏｒｙｚａｅ ｐｖ． oｒｙｚａｅ，ｘｏｏ）抗性基因ｘａ２３的标记ｃ１８９进行了改良和优化，获得了测序品种日本晴中ｃ１８９电子克隆的序列，设计改良的分子标记，命名为ｐ２３。用ｐ２３扩增３６个水稻亲本和２００份中国栽培稻微核心种质材料，研究了该分子标记的稳定性和特异性。标记多态性检测结果表明，在阳性亲本ｃｂｂ２３中扩增出大约４７４ ｂｐ的条带，其他３５个常用水稻亲本中都是扩增出约６００ ｂｐ的条带；中国栽培稻微核心种质中１５０个品种扩增出约６００ ｂｐ的单一条带，５０个品种扩增出约４７４ ｂｐ的单一条带。利用ｐ２３对含ｘａ２３基因的１１４个ｆ６代育种家系进行了分子标记辅助选择，获得了４３个纯合的抗性株系。这些结果证明标记ｐ２３具有特异性强，共显性，ｐｃｒ扩增产物差异大，利用１％的琼脂糖凝胶电泳即可快速分清等位差异的特点，能广泛用于抗病基因ｘａ２３的辅助选择；该研究中采用的生物信息学的方法对其他基因分子标记的设计或改良也具有一定的借鉴和指导意义。 关键词：水稻；白叶枯病（ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ ｏｒｙｚａｅ ｐｖ． oｒｙｚａｅ，ｘｏｏ）；分子标记辅助选择；生物信息学 ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｍａｒｋｅｒ ｆｏｒ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｂｌｉｇｈｔ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅ ｘａ２３ ｉｎ ｒｉｃｅ ｚｈｏｕ ｌｅｉ１，ｃｈｅｎ ｚｈｉ－ｊｕｎ１，ｍａ ｙｉｎ－ｈｕａ１，２，ｌｉｕ ｋａｉ１，ｌｉ ｓａｎ－ｈｅ１，ｙａｎｇ ｇｕｏ－ｃａｉ１， ｈｕ ｇａｎｇ１， ｗａｎ ｌｉ－ｙｕｎ１，ｙｏｕ ａｉ－ｑｉｎｇ１ （１． ｆｏｏｄ ｃｒｏｐｓ ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，ｈｕｂｅｉ ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ ｓｃｉｅｎｃｅｓ，ｗｕｈａｎ ４３００６４，ｃｈｉｎａ； ２． ｇｒａｄｕａｔｅ ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ ｗｕｈａｎ ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ｗｕｈａｎ ４３００７２，ｃｈｉｎａ） ａｂｓｔｒａｃｔ： ｃ１８９， ａ ｍａｒｋｅｒ ｆｏｒ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｂｌｉｇｈｔ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅ ｘａ２３， ｗａｓ ｍｏｄｉｆｉｅｄ ａｎｄ ｏｐｔｉｍｉｚｅｄ ｔｈｒｏｕｇｈ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ｍｅｔｈｏｄ． ｔｈｅ ｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃ ｃｌｏｎｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆ ｃ１８９ ｉｎ ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ ｒｉｃｅ ｃｕｌｔｉｖａｒ ｎｉｐｐｏｎｂａｒｅ ｗａｓ ｏｂｔａｉｎｅｄ， ａｎｄ ｕｓｅｄ ｆｏｒ ｄｅｓｉｇｎａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｏｄｉｆｉｅｄ ｍａｒｋｅｒ， ｗｈｉｃｈ ｗａｓ ｎａｍｅｄ ａｓ ｐ２３． ｔｈｅ ｓｔａｂｉｌｉｔｙ ａｎｄ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ ｏｆ ｔｈｅ ｐ２３ ｗａｓ ａｎａｌｙｚｅｄ ｂｙ ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ ｉｓ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｉｎ ３６ ｐｒｉｍａｌ ｐａｒｅｎｔｓ ａｎｄ ａ ｓｅｔ ｏｆ ｍｉｎｉ－ｃｏｒｅ ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ ｌ． ｉｎ ｃｈｉｎａ． ｍａｒｋｅｒ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅｎｅｓｓ ｔｅｓｔ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｔｈａｔ ａ ｓｉｎｇｌｅ ｂａｎｄ ａｂｏｕｔ ６００ ｂｐ ｗａｓ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｆｒｏｍ ３５ ｏｆ ｔｈｅ ｐｒｉｍａｌ ｐａｒｅｎｔｓ ａｎｄ １５０ ａｃｃｅｓｓｉｏｎｓ ｉｎ ｍｉｎｉ－ｃｏｒｅ ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ ｌ． ｉｎ ｃｈｉｎａ； wｈｉｌｅ ａ ４７４ ｂｐ ｂａｎｄ ｗａｓ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｆｒｏｍ ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｐａｒｅｎｔ ｃｂｂ２３ ａｎｄ ５０ ａｃｃｅｓｓｉｏｎｓ． ４３ ｈｏｍｏｚｙｇｏｕｓ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｌｉｎｅｓ ｏｕｔ ｏｆ １１４ ｌｉｎｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ｆ６ ｂｒｅｅｄｉｎｇ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｃａｒｒｙｉｎｇ ｘａ２３ ｇｅｎｅ ｗｅｒｅ ｓｅｌｅｃｔｅｄ ｂｙ ｕｓｉｎｇ ｐ２３． ｔｈｅｓｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｅｄ ｔｈａｔ ｔｈｅ ｍｏｄｉｆｉｅｄ ｍａｒｋｅｒ ｐ２３ ｗａｓ ｗｉｔｈ ｈｉｇｈ ｓｐｅｃｉｆｉｃ， ｃｏ－ｄｏｍｉｎａｎｔ， ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ ｉｎ ｐｃｒ ｐｒｏｄｕｃｔ ｓｉｚｅ， ｃｏｕｌｄ ｓｅｐｅｒｒａｔｅ ａｌｌｅｌｅｓ ｑｕｉｃｋｌｙ ｂｙ ｕｓｉｎｇ １％ ａｇａｒｏｓｅ ｇｅｌ ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ， ａｎｄ ｃｏｕｌｄ ｂｅ ｗｉｄｅｌｙ ａｐｐｌｉｅｄ ｆｏｒ ｍａｓ ｏｆ ｘａ２３． ｂｉｏｉｎｆｏｒ