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为疾病正本清源基因“侦探” 　　超级细菌威胁婴儿生命 　　他们是医院病人中最脆弱的一群：新生婴儿，很多还是早产的，另一些则患有先天疾病。他们需要呆在医院的监护病房里。但现在，一个新的威胁又在逼近他们，即医院里常见的一种超级细菌――金黄色葡萄球菌（MRSA）。 　　作为滥用抗生素造成的恶果之一，如今MRSA已产生了严重的耐药性，对人类构成新的威胁。2011年，在英国阿顿布鲁克医院的特殊婴儿监护室，3名婴儿的皮肤上发现了MRSA。尽管它们还没有“作乱”，但日久天长，总会有危险。 　　医务人员不得不立刻行动。婴儿们被抱离婴儿床，全身上下被清洗了数遍，甚至连他们的鼻孔都用杀菌剂小心擦洗过。 　　当这一切进行的时候，病房被关闭了数天，里面每一件物品，从空调到温度计，都经过严格的消毒。但4天之后，医生们得知，一切努力都付诸流水了：MRSA又在另一名婴儿上被发现了。 　　这些耐药细菌到底是从哪来的？如果不找到源头并堵住，这些婴儿就时刻有生命危险。当这件事传到传染病学家西蒙?哈里斯耳里的时候，他认为自己或许能帮得上忙。他当时刚发表了一篇文章，报道了如何通过基因检测，来发现疾病的传播路径。 　　数年前在泰国一家医院，由MRSA也引发了类似的疫情。当时哈里斯领导的一个小组参与了调查。他们通过对采自病人的细菌样本DNA进行测序，追踪病菌是如何从这位病人传到那位病人、乃至在整座医院扩散开的。哈里斯在文中指出：以现有的技术，不需要太大的费用，我们即可短时间内测出一个细菌的全部基因；测序结果将成为我们追查疾病爆发，以及阻止其传播的有力武器。 　　现在疾病在“自家门口”，哈里斯当然不会放过机会再来扮演一回侦探的角色。 　　基因“侦探”首次显身手 　　微生物的基因测序用于传染病调查，最早始于上世纪末。1990年。美国佛罗里达州21岁的少女波加丽突然得了艾滋病，可她自己说从没跟人有过性接触或者注射过药物。当美国疾病控制中心的专家听到此事后，担心艾滋病还有别的传播途径，所以就派了两名专家到她家调查。不过，波加丽的母亲是一名当地护理中心的工作人员，她最早发现了一条线索――她女儿的牙医患有肺炎，这很可能是由于艾滋病引发的免疫力低下引起的。最后证明，这位牙医的确患有艾滋病。 　　当然，这还不能证明波加丽的艾滋病毒是从他那儿传染来的。为了进一步调查，专家利用基因测序技术（那时这项技术刚诞生不久），比较了从波加丽、她的牙医以及从其他艾滋病患者身上采集来的艾滋病病毒基因。 　　当病毒从一人传播到另一人时，它们一直处于持续的变异和进化之中，这就为追踪它们的传播提供了方便：两个人身上的病毒基因变异越少，他们之间直接从一人传给另一人的可能性就越大。在这个例子中，来自波加丽和她牙医的艾滋病病毒基因比来自其他艾滋患者的病毒基因更相近，这表明，要么是牙医把艾滋病传染给了波加丽，要么反过来，是波加丽把艾滋病传染给了她的牙医。而实际上，波加丽和她的牙医确实有性接触，这让疾病控制中心的专家松了口气，证明艾滋病毒还没有产生新的传播途径。 　　自那之后，基因检测在很多例艾滋病传染事件中被应用。随着此项技术的发展，对微生物的基因检测已找到了越来越广阔的用途。 　　新技术便宜又准确 　　大多数技术都会随时间越来越完善和便宜，一个典型例子就是电脑，但基因测序技术的这一发展速度甚至超过了电脑。例如，最早的人类基因组草图花了整整13年才完成，花费了近30亿美元，而今天，任何人只要花几千美元，在24小时内即可完成对自己基因组的测序。 　　病毒和细菌与人类相比，DNA要少得多和简单得多，因此测序比人类的还要便宜和省时。由此，一些传染病学家意识到，这项技术可让他们实时跟踪疾病是如何传播的。 　　过去，一场疾病爆发之后，通常是官方派遣人员赶到人们得病的地方，面对面地盘问他们到哪里去过，接触过哪些人，然后根据得来的数据，推测疾病的传播路径。这样的工作量不仅很大，也很烧钱，得出的结论还不一定可靠。 　　而基因组测序的办法就快得多，也准确得多了。因为两个患者病原体的基因在多大程度上相近，是很容易判断的。这就为重建疾病的传播路径提供了更确切的依据。 　　2009年，当猪流感在墨西哥首次爆发的时候，专家们就使用了基因测序来跟踪病毒的进化。大量病毒的基因被测序，实时公布在互联网上。这次爆发的起因最后被查明，病毒最早是从猪传到人身上，后来才演变为人与人之间传播的。 　　基因测序还被用于搞清楚猪流感在人群中传播有多快。调查组计算出每1例猪流感平均来说可以传播1.2个人，传统调查得来的数字是每例传播1.4～1.6个人。两种方法得到的结论基本吻合。 　　侦破英国一家医院的 　　MRSA爆发 　　但是，具体到英国阿顿布鲁克医院的这次MRSA爆发，两种方法得到的结果却出入很大。 　　当哈里斯来医院后，做的第一件事是要求医院给他提供在过