系统发育析与进化树.ppt

第四章 系统发育分析与进化树 什么是系统生物学？ 1985年首先推动基因组计划的科学家之一的Leroy Hood博士是最早提出“系统生物学” 系统生物学是研究一个生物系统内所有组成份的构成,以及在特定条件下这些组成份相互关系的学科。 系统发育（phylogeny） 系统发育（phylogeny）是与个体发育相对而言的，它是指某一个类群的形成和发展过程。 研究整个植物界的发生与发展，便称之为植物界的系统发育。 也可以研究某个门、纲、目、科、属的系统发育，甚至亚种，变种中也存在种的系统发育问题。 达尔文《物种起源》 所有不同生物来自同一祖先 生物种并非永久不变 “后代渐变” 适者生存 所有生物必须繁殖 所有生物都表现可遗传的变异 对繁殖有利的变异必定成功, 反之则必定失败, 因此生物产生改变 共同祖先进化 系统分类 生物地理 比较解剖 比较胚胎 古生物 共同祖先学说 达尔文自己把《物种起源》称为“一部长篇争辩”，它论证了两个问题： 第一，物种是可变的，生物是进化的。当时绝大部分读了《物种起源》的生物学家都很快地接受了这个事实，进化论从此取代神创论，成为生物学研究的基石。即使是在当时，有关生物是否进化的辩论，也主要是在生物学家和基督教传道士之间，而不是在生物学界内部进行的。 第二，自然选择是生物进化的动力。当时的生物学家对接受这一点犹豫不决，因为自然选择学说在当时存在着几大难题。 反达尔文学说-理论上 智慧设计理论 詹腓力 Philip Johnson 《Darwin on Trial》 仅适用于生物种范围之内 能否制造新的物种? 复杂的器官如何进化而来? 英国天文学家 弗雷德.霍伊尔 ……相当于一阵旋风吹到一片充满各种破铜烂铁的废物堆之后, 突然组成了一架波音747客机. 反达尔文学说-道德上 达尔文进化论的核心是自然选择理论,而达尔文最初理解的自然选择是个体选择,即生物个体是选择的单位。但如果生物个体是选择单位,那么生物界普遍存在的牺牲个人利益帮助他人的利他主义就不可能得到进化,因为,利他行为增加其他生物的适合度,减少了自己的适合度。这就是所谓的达尔文难题。 DNA双螺旋结构确定，生物学从此进入了分子时代 　 用生物大分子序列分析生物进化 分子生物学进展，进化到分子水平。依赖蛋白质核酸序列分析方法。包括遗传密码起源、基因结构形成与演化、进化动力，分析进化，从物种的分子序列研究其进化关系 核酸（DNA） 蛋白质 蛋白质结构 细胞色素C在不同物种间的差别 中性学说或中性漂移学说 1. 进化过程中置换绝大部分是中性或近似 中性的突变随机固定的结果，而非达尔文 选择的结果。 2. 许多蛋白质多态性必须在选择上为中性 或近中性，并在群体中由突变引入与随机 灭绝间两者的平衡维持。 村资生 《自私的基因》道金斯 基因。而我们眼中的形形色色的生命形式都是由它们所创造用来延续它们自己的生存、繁衍的机器，包括我们自己。 分子进化研究的基础 分子钟理论 在不同的发育谱系或者在足够大的时间尺度中，许多序列进化速度几乎是不变的 同源性 直系同源：同源的基因是共同祖先进化而来的 旁系同源：同源的基因是基因复制而成的 创造论 创造者----神 选择论 完全自然的演进 达尔文主义 新达尔文主义 分析不同物种中同一分子同异 细胞色素C是动植物细胞的线粒体中普遍存在的一种呼吸色素,在呼吸作用中起着电子转移作用。它是一种含亚铁卟啉环的球蛋白,由含有100多个氨基酸残基的一条多肽链组成。这种蛋白质很容易从细胞中抽提出来,因而受到广泛的重视。通过对许多物种的细胞色素C的测定表明:对不同种的生物来说,氨基酸序列的差异越小,它们的亲缘关系越近；差异越大,则亲缘关系越远。例如,人与黑猩猩的细胞色素C的氨基酸序列完全相同,差异数为0；人与马相比,差异数为12；与龟相比,差异数为15；与天蚕蛾相比,差异数为31；与小麦相比,差异数为43；与红色螺菌相比,差异数为65。 细胞色素C在不同物种间的差别 从序列保守性上可以用生物分子序列进行进化树分析 从序列变异性分析其变异性是否跟时间相关 分子钟！！！！！！！ 某一蛋白在不同物种间的取代数与所研究物种间的分歧时间接近正线性关系，有很好的相关性，分子中这种恒速变异成为“分子钟” 分子进化速率在不同种系中恒定 例子：细胞色素，免疫抗血清，白蛋白等。 分子钟的发现对于进化研究有十分重要的意义。不仅能用于粗略估计各类群的进化时间，也可以用于构建进化树。 进化树 用来描述系统发育分析所推断出来的进化关系的分支图表称为进化树, 包