基于BLAST算法的PAP1基因同源性分析.docVIP

PAGE 1生物信息学课程设计报告基于BLAST算法的PAP1基因同源性分析院 系 部 门： 学 生 学 号： 学 生 姓 名： 指 导 教 师： 完成时间：2011年5月 28日目录 TOC \o 1-3 \h \z \u HYPERLINK \l _Toc292791796 目录 PAGEREF _Toc292791796 \h 2 HYPERLINK \l _Toc292791797 一、研究背景 PAGEREF _Toc292791797 \h 3 HYPERLINK \l _Toc292791799 1. 基本信息 3 HYPERLINK \l _Toc292791800 2. 实验目的 4 HYPERLINK \l _Toc292791801 3. 实验方法 4 HYPERLINK \l _Toc292791802 4. 实验方案 4 HYPERLINK \l _Toc292791798 二、原理和方法 5 HYPERLINK \l _Toc292791801 1. BLAST算法原理 5 HYPERLINK \l _Toc292791801 2. 自编程序代码 9 HYPERLINK \l _Toc292791804 三、过程和结果 14 HYPERLINK \l _Toc292791805 1. BLAST工具分析结果 15 HYPERLINK \l _Toc292791806 2. 自编程序分析结果 15 HYPERLINK \l _Toc292791809 四、结果分析 16 HYPERLINK \l _Toc292791812 五、心得体会 17 HYPERLINK \l _Toc292791817 六、参考文献 17研究背景基本信息简介PAP1基因作为P53下游的基因,位于人类染色体16P-12-13整个基因由6个外显子和5个内含子组成；它的启动子和前三个内含子中含有许多P53蛋白结合位点；PAP1基因cDNA全长27779bp,开放阅读框起始第282nt,终止位点第1130nt,全长846bp。PAP1基因属于免疫球蛋白家族（IGSF）成员,与黑猩猩、狗、小鼠、鸡、牛等物种具有高度同源性,在进化上十分保守。BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或HYPERLINK /view/1603921.htmDNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。序列比对的目的是找出序列间的相近程度。用于推测序列的共同区域，推测该核酸或用于推测序列的共同区域；推测该核酸或蛋白功能；以及推测一组序列是否起源于蛋白功能；以及推测组序列是否起源于同一祖先。其核心算法采用Seeding-Extending Seeding Extending（种子-延伸）。实验目的 通过课程设计加深对生物信息学课程所学知识巩固、以及加深对实际解决实际问题等能力锻炼与培养；加强对实际工作能力的具体训练和考察。 实验内容熟练在NCBI上收索数据，以及查看各种文献。能使用NCBI上BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)工具在其上面的蛋白质数据库中进行相似性比较。然后 编写一类似BLAST程序与上面所得结果进行比较分析。实验方案上传NCBI做BLAST分析上传NCBI做BLAST分析下载基因蛋白质序列收索基因相关信息下载基因蛋白质序列收索基因相关信息结果一结果一结果结果讨论编写程序编写程序结果二结果二程序分析下载5五种将其同源的序列选5种高度同源的物种程序分析下载5五种将其同源的序列选5种高度同源的物种原理和方法BLAST算法核心思想程序代码：程序采用C语言写的一个类似BLAST程序#includestdio.h#includestdlib.h#includemalloc.h#includestring.h#define N 20void Getpath(int **mg,char row[],char line[]){ printf(%s,row); int max=0,l=-1; char getrow[2*N],getline[2*N]; for(int i=0;i=strlen(row);i++) mg[0][i]=-i; for(i=0;i=strlen(line);i++) mg[i][0]=-i; for(i=1;i=strlen(line);i++) for(int j=1;j=strlen(row);j++) { max=mg