bioinf 第6讲生物医学文献检索.pptxVIP

PubMed是由美国国家医学图书馆(NLM)的国家生物技术信息中心（NCBI）开发的基于Web的检索系统，通过NCBI平台提供基于Web的免费MEDLINE数据库检索服务，并提供部分免费的全文链接服务，此外还可以访问NCBI维护的完整的分子生物学数据库．1999年8月PubMed加入NCBI开发的Entrez通用浏览器，更换了检索界面。（PubMed＝Public+Medicine）所暗示的, PubMed是免费向公众开放的。PubMed的网址：/pubmed/pubmed 就可以立刻进入PubMed的界面。 PubMed具有医学文献期刊收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文二、通过PubMed可检索到如下的信息 MEDLINE PreMedline 出版商提供的书目信息 NCBI其它数据库的相关记录 MEDLINE：是美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最大的生物医学数据库，收录1966年以来70多个国家4300多种生物医学期刊的书目信息和著者文摘，每周更新。每条记录均带有[PubMed--Indexed for MEDLINE]标志。MEDLINEPreMedline：收集未正式给予MeSH词、出版类型等深度标引信息的一个临时库。NLM每天把最新记录加入到PreMedline库中，每条记录均带有[PubMed--in Process]标志。工作人员在一周内将这些记录标引，然后转入MEDLINE，同时从PreMedline中删去。New DataPubMedCollectPre-MedlineMedlineProcessPubMed出版商提供的书目信息：出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分没有被MEDLINE收录，PubMed仍保存，在记录中做[PubMed--as supplied by publisher]的标记。以下是几条PubMed的记录，标记不同，其出自的分库也不同三、PubMed页面的结构 登录 PubMed homepage/entrez/query.fcgi?DB=pubmed/PubMed/PubMed页面的结构检索提问区相关数据库链接、 检索提问框 、辅助检索工具使用方法PubMed开始、全文检索、相关资源检索工具各项检索功能NCBI数据库Nucleotide：DNA序列数据库Protein：蛋白质序列数据库Genome：基因组序列数据库Structure：分子结构模型数据库OMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库Limits （限制功能）Preview（预览）History（检索史）Meshdatabase（主题词表）Details（明细栏）1. Limits（限制功能）:对检索词的限定和修饰，包括字段、年龄、性别、研究对象、出版类型、语种、出版或输入日期以及子字段等。limitedPublication Types（出版物类型选择）：有8种类型Languages（语种选择）：提供常用的7种语种Gender（性别选择）：男性、女性Human or Animal（人或动物实验选择）Subsets（子集）：8个子集Dates（日期）2、Advaneced Search(高级查询)Using PubMed（使用Pubmed）:PubMed Quick Start Guide-快速指南PubMed Tools :Single Citation Matcher-引文匹配器在表格输入刊物的引文信息来定位特定文章。Batch Citation MatcherClinical Queries-与临床相关的查询（疗法，诊断，病因，预后等）Topic-Specific Queries-主题特异性查询PubMed More Resources :MeSH Database-主题词数据库 Journal in NCBI Database-杂志数据库 Clinical Trials-临床试验四、PubMed的基本检索功能词语检索及自动词语匹配作者姓名检索杂志名称检索截词检索短语检索逻辑运算符检索四、PubMed的基本检索功能（一）词语检索及自动词语匹配在检索框中键入一到多个检索词，按“search”键，即显示检索结果。 “X”按钮可以帮你清除查询框中的内容，然后开始一个新的查询。四、PubMed的基本检索功能（二）自动词语匹配PubMed能自动利用它的“自动词语匹配”功能将重要的词语结合在一起，并将不规范的词语转换成规范的用词。自动词语匹配如：输入common cold vitamin c ，系统会将自动转换成 (“common cold”[MeSH Terms] OR respirtory tract infection [Text Word] and (“ascorbic