生物信息学 实验四 用 Clustal, MUSLCE 和 T-Coffee 进行多条序列比对.docxVIP

实验四用 Clustal, MUSLCE 和 T-Coffee 进行多条序列比对准备工作FASTA序列“”之后加上物种和序列名称，然后加空位，方便在多序列比对过程中分清每条序列分别来自哪个物种。1clustalX将上述序列文件用英文命名，且其中无空格，在D盘下建立一个用英文命名的文件夹并将序列文件放在其中。点击开始－程序－clustalX2－clustalX2。点主菜单File－Load Sequence-选择你刚保存的序列文件，点打开设置两条序列、多序列比对及输出格式参数后：Alignment－Alignment Parameters－Pairwise Alignment Parameters；Alilgnment－Alignment Parameters－Multiple Alignment Parameters；Alignment－Output Format Options1.1常规比对点击Aliglnment－Do Complete Alignment。此时出现一个对话框，提示比对结果保存的位置，在上一步选择了多少种输出格式，这里就会给出多少个文件的路径。点OK即可。比对结束后生成的aln文件是多条序列比对的结果，推荐用notepad++打开浏览。*对应的是完全匹配的列，保守替换（理化性质高度相似氨基酸之间的替换）用：表示，有一定保守的替换用.表示，如果下方没有标识，说明这列为非保守替换。生成的dnd文件是比对过程中利用NJ方法生成的进化树（guide tree），可以用Figtree软件浏览。1.2、迭代比对选择Alignment－iteration－iterate each alignment step（或iterate final alignment），然后再点击Aliglnment－Do Complete Alignment进行比对。其生成的aln文件与常规比对的一致，但NJ树不一致，迭代比对NJ树的8、9单独聚为一个分枝，而常规比对8、9与a、b聚在一枝。2、Clustal Omega2.1 网页版比对将保存的序列copy到STEP1下的文本框中，通过STEP2设置参数，最后Submit。点击Phylogenetic Tree,查看网页版的NJ树2.2 单机版比对result.txt，用npp打开3 Muscle alignment result点击开始－运行－输入 CMD－打开 DOS 窗口－输入d: 到达D盘，然后输入cd d:\ruanjian\muscle到达 MUSCLE 所在文件夹。输入muscle.exe -in human_globins.fasta -out output.txt –clw命令，输出human_globins的多序列比对结果。然后再对MAPK蛋白序列的进行多重比对，输入的命令为muscle.exe -in wjr.txt -out outputwjr.txt –clw注：（新建一个muscle文件夹，将muscle（名称改为muscle）软件，human_globins序列和MAPK的蛋白质序列（wjr）放在一起）按下图命令进入muscle文件夹。按下图命令对human_globins序列进行多重比对。按下图命令对MAPK蛋白序列进行多重比对。MAPK蛋白序列输出如下图：共找到25个保守位点，26个保守替换位点保守位点氨基酸依次为：GVAKE LLHRD LKNLD FLTYP EDWGP4 T-coffee alignment resultMAPK的蛋白序列用T-coffee多重比对结果如下图：共找到27个保守位点， 30个保守替换位点。保守氨基酸位点依次为：GVAKN LHRDL KNLDF LTYPE DWGLP RHT-coffee比对后用粉色高亮区对二级结构单元进行注释。M-Coffee alignment resultMAPK的蛋白序列用M-coffee多重比对结果如下图：共找到25个保守位点， 26个保守替换位点。保守氨基酸位点依次为：GVAKE LHRDL KNLDF LTYPE DWG-P - -M-coffee比对后也用粉色高亮区对二级结构单元进行注释。对T-coffee和M-coffee比对结果进行比较，除了第五个保守位点T-coffee是N，M-coffee为E，另外，T-coffee结果比M-coffee结果多出三个保守位点，三个保守位点均位于保守位点出现的末尾，M-coffee将两个连续空格（分别为3个和两个连续字符）插入放在了二级结构的内部，就这次比对来说，T-coffee将一个连续空格（4个字符）插入到二级结构内部。