微阵列了解.pdfVIP

核酸芯片微阵列分析概述 03级化学逸凡 乃宁 炜臻 一、简介 生物芯片的定义 主要是指通过微加工和微电子技术在固体芯片 表面构建微型生物化学分析系统，以实现对生命机体 的组织、细胞、蛋白质、核酸、糖类以及其他生物组 分进行准确、快速、大信息量的检测。 生物芯片的分类 ♦cDNA微阵列：第一个微阵列实验就是用cDNA微 阵列进行的。它得到的杂交信号强度好，因为基 片上固着的cDNA和溶液中的探针分子有较大的互 补性。 ♦寡聚核苷酸芯片：应用于基因表达基因分型等多 个领域。靶标分子在杂交中有较好的特异性和较 高的型号强度。以上两类通称核酸芯片。 ♦组织微阵列和蛋白微阵列：组织微阵列上包含来 自人肿瘤标本和其他感兴趣样品的切片，蛋白微 阵列包含提纯的蛋白质或细胞的抽提物。 二、核酸芯片作用原理 三、进行微序列分析的具体步骤及原理 ♦微阵列表面处理 ♦靶标和探针的预处理 ♦微阵列的制备 ♦检测 NEXT 一个芯片表面具有以下性能 尺寸精确 平滑 平整 均一 耐受性强 荧光惰性 反应效率 可结合性 玻璃基片材料 玻璃是迄今为止最常用的芯片材料，其基 本化学成分是一个由硅原子和氧原子构成 的四面体分子。由于硅原子是高正电性的， 氧原子是高负电性的，因此二者间价键作 用很强。。其适合作为芯片基片材料的性 质为：高度的物理化学稳定性，较低的热 膨胀系数，较低的自发荧光和反射率，化 学均一性和可抛光性以及在可见光区的高 度透明。 氨基化 可以通过有机反应合成各种各样的氨基硅烷 化衍生物，并根据氨基取代基和其它连接 于中心原子的三个有机基团的不同，各自 具有不同的性质和反应性。 如玻璃与3-氨丙基三甲氧基硅烷的反应就 显示了这类反应的一个基本机制。 ♦氨基化表面在多数实验条件下都能正常使 用，并由较低的自发荧光和背景荧光。其 自发荧光较低，是因为表面处理过程中没 有在可见光区易发荧光而破坏芯片检测的 共轭环或不饱和环的结构出现。背景荧光 低是因为亲水性的氨基表面排斥了常用于 芯片检测直接标记的染料分子，如花青染 料等疏水分子的吸附。 靶标和探针的预处理 ♦目前制备靶标微阵列有分配法和合成法， 分配法为事先采用PCR技术合成靶标，然 后通过接触式点样等类似方法将合成好的 靶标分配到微阵列表面。合成法为通过光 引导原位合成技术等方法直接在微阵列表 面合成靶标。 ♦寡聚核苷酸合成在微阵列靶标制备中具有最重要 的地位，目前最主要采用亚磷酰胺酯法。3种亚磷 酰胺酯（A ＣG ）在其嘌呤或吡啶环上含有具有反 应活性的伯胺基，因此需要在胺基上加保护基团。 苯甲酰是典型的AC保护基团，而异丁酰基团通常 被用于保护G，第四种碱基T的吡啶环上没有伯胺 基，因此不必保护。所有四种亚磷酰胺酯碱基在5 羟基位置都有DMT基团，用于阻止羟基发生化学 偶联，直到合成时的去保护反应。选择性的去保 护反应会使合成一步一步进行。3磷酸已经被保护， 避免发生副反应，然后分别被氰乙基和二异丙基 基团激活进行亲核进攻。合成结束后去除保护， 得到具天然DNA结构的寡聚核苷酸产物