各基因网络与临床表形的相关性.PPT

癌旁肺组织基因表达谱与肺鳞癌进展的相关性研究 曹邦荣，冯林，刘宇，高燕宁，张开泰，程书钧 北京协和医学院肿瘤医院肿瘤研究所，病因及癌变研究室，北京100021 研究背景 慢性炎症与肿瘤 癌旁组织广泛存在炎症反应。 炎症反应诱发局部DNA损伤，诱导EMT，诱导血管生成。 慢性炎症与肝癌，胃癌，结直肠癌，肺癌的发生具有重要关系。 癌旁组织与某些肿瘤的预后相关 肝癌癌旁组织的基因表达谱肝癌预后相关（ Budhu et al.，2006）。 肺腺癌癌旁组织中15个细胞因子的表达谱与肺腺癌转移相关（ Seike et al.，2007）。 样本 15例非癌症病人外周肺组织。 60例原发性肺鳞癌病人癌旁肺组织。 技术手段 Agilent 4×44k 基因表达谱芯片分析。 基于表达谱的基因网络分析。 现有Pathway的GSEA分析。 样本 15例非癌症病人外周肺组织。 60例原发性肺鳞癌病人癌旁肺组织。 技术手段 Agilent 4×44k 基因表达谱芯片分析。 基于表达谱的基因网络分析。 现有Pathway的GSEA分析。 癌旁肺组织与非癌症病人肺组织基因表达谱差异分析 肺鳞癌癌旁组织中基因共表达网络分析 针对Pathway的GSEA分析 癌旁肺组织与非癌症病人肺组织基因表达谱差异分析 肺鳞癌癌旁组织中基因共表达网络分析 表达数据预处理 标准化。 同一个基因选取表达均值最大的探针。 选取在60例肺鳞癌癌旁组织中表达变异最大的前2000个基因进行网络分析。 “WGCNA”分析 根据拓扑结构建立基因之间的Sub network。 Scan free network 。 参数设定 基因网络概况 各基因网络与临床表形的相关性 Module pink 结构信息 Module pink 基因功能分析 根据基因表达谱建立 的基因网络显示与淋巴结转移、临床分期相关。 直接考察现有的基因Pathway与淋巴结转移的关系，是否仍有类似的结果？ 淋巴结转移 与淋巴结转移显著相关的信号通路 小结 肺鳞癌癌旁肺组织中基因表达谱与肺癌症病人肺组织相比，发生了明显的改变。 肺鳞癌癌旁肺组织中，血管生成因子、细胞因子、免疫分子的基因表达谱与淋巴结转移以及TNM分期具有显著相关性。 利用癌旁组织作为研究材料，有助于进一步探索肿瘤发生发展的分子机理。 * 研究目的： 探索癌旁肺组织与肺鳞癌发生发展的关系 实验方案： 研究目的： 探索癌旁肺组织与肺鳞癌发生发展的关系 实验方案： 实验结果 经过非配对T检验，校正P值为6×10-5，得到2595个差异探针。 聚类分析 实验结果 实验结果 13 modules: 13 sub networks 实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析 实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析 实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析 87 genes 实验结果：肺鳞癌癌旁组织基因共表达网络分析 Melanoma 5218 0.009586 TGF-beta signaling pathway 4350 0.0022 Bladder cancer 5219 0.002173 Small cell lung cancer 5222 0.001941 Complement and coagulation cascades 4610 0.000814 Cell Communication 1430 4.30E-09 ECM-receptor interaction 4512 1.27E-09 Focal adhesion 4510 6.52E-10 Name NameID Pvalue KEGG pathways GO terms basement membrane Component 9.99E-07 nucleotide diphosphatase activity Function 8.34E-07 microfibril Component 8.34E-07 growth factor activity Function 3.68E-07 skeletal system development Process 3.18E-07 collagen Component 4.18E-12 extracellular space Component 8.13E-14 extracellular matrix structural constituent Function 5.70E-15 proteinaceous extracellular matrix Component 8.13E-21 extracellular region Component 3.64E-38 GODescription GOType Pv