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TrackVis使用手册 简介 TrackVis 是一个软件工具能可视化并分析来自弥散核磁成像的纤维追踪数据 (DTI/DSI/HARDI/Q-Ball)纤维跟踪。TrackVis的特点包括:1、跨平台. 可在Windows, Mac OS X and Linux工作。2、追踪过滤器的多样性(追踪选择方法) 允许用户轻松探索和定位特定的一簇纤维。3、Multiple rendering modes with 可定制的 scalar-driven 颜色编码。4、实时参数调整和3D渲染。5、打开跟踪数据文件的格式允许用户将自定义标量数据集成到跟踪文件并可视化和分析它.保存和恢复场景在XML风格的场景文件.6、 tracks and ROIs的统计标量分析。7、同步实时多重数据分析和显示允许时点and/or 主题比较.在相同的数据集同步分析和显示，也可以通过远程网络进行。8、前期在线实时参数调整.没有乏味的弹出对话框。 FAQ TrackVis是什么?TrackVis 是一个软件能可视化并分析纤维跟踪产生于核磁图像 by 弥散张量成像(DTI), 弥散光谱成像(DSI) 和其他弥散图像科技. FAQ TrackVis, Diffusion Toolkit的区别是什么? 为什么它们是分开的?TrackVis 是一个纤维追踪可视化和分析程序. 它不执行实际的纤维追踪. Diffusion Toolkit 是一套工具能重建弥散图像数据和生成纤维追踪数据给TrackVis 用来可视化. 因为这两套工具是分开开发和维护的，而且每一个都有不同的杰出的功能, 所以我们决定把它们分开维护和升级. 你非常需要这两个软件来执行完整的弥散数据处理和. FAQ TrackVis和Diffusion 支持什么数据格式?TrackVis 运行Diffusion Toolkit创建的Track File文件. Diffusion Toolkit 处理原始的DICOM, Nifti 格式文件和 ANALYZE图像文件. 详细数据格式介绍： /docs/?subsect=fileformat FAQ Diffusion Toolkit使用的什么重建/纤维追踪方法?*对于弥散张量估值, 它使用线性最小二乘拟合方法.* 对于 Q-Ball/Hardi 重建它使用的是球面谐波基础方法by Hess CP, Mukherjee P and co. * 对于DTI 纤维追踪, 它使用的是标准 FACT by Mori S and co. 作为默认方法. 其他可替换的方法包括2nd-order Runge-Kutta, fixed step-length streamline propagation and Tensor Deflection by Lazar M, Weinstein DM and co. * 对于DSI/Q-Ball/Hardi 数据追踪, 它使用的是FACT-alike 算法,但是是基于每个体素都有多重的弥散方向的数据模型. FAQ Diffusion Toolkit能做图像变形修正吗?不能. Diffusion Toolkit不包括变形修正的工具. 如果需要, 用户可以使用外部工具, 比如FSL程序包里的FLIRT. Diffusion Toolkit能处理Nifti格式的修正过的图像,并执行重建和纤维追踪. FAQ TrackVis能显示张量和ODF符号吗?现在还不能. 未来版本的TrackVis将支持显示张量和glyphs. FAQ Why do I get funny looking “nonsense” tracks?首先, 你应该确认用来重建的图像有正确的图像方向信息. 第二, 不同的核磁仪器制造商会有不同的翻译图像方向的方法. 这正是 “方向补丁” 被引进到Diffusion Toolkit的原因. Please refer here for more information. 从我们有限的经验来看, Siemens数据通常不需要任何方向补丁, 但GE和Philips数据经常需要应用Invert Y. 具体方法参见：/dtk/?subsect=gui FAQ 为什么我会得到坏的甚至是空的追踪?Diffusion Toolkit使用两种类型的阈值作为纤维追踪的停止标准. 一种是图像遮罩,另一种是角度. 所以当你得到坏的追踪, 给你的数据适当的质量和SNR（信噪比）, 遮罩阈值不能设置太高, 同时角度阈值也不能设置太低. 如果你接近 “empty” 追踪, 很可能是因为程序自动获取遮罩阈值失败和设置遮罩阈值过高. 以防万一, 你应该着眼于图像遮罩并手动设置阈值. Demo TrackVis能显示张量和O