核酸序列分析及结构预测主 讲张军细胞生物学及遗传学教研室ppt课件.ppt

核酸序列分析及结构预测 主 讲 张 军 细胞生物学及遗传学教研室 第一节 核酸序列的数据形式 1. 串（string）符号或字符的有序排列，符号或字符来自有限集合{A, T, G, C}。序列（sequence）与串是同一概念。 s=ATTGCATATG；串的长度|s|; 串s某个位置的字符表示为si ，1≤ i≤ |s|。 特别的，长度为0的串称为空串（empty string），用符号ε 表示。 2. 子串（substring）和子序列（subsequence），二者不是相同的概念。 子串和超串 s=ATGCGGTA; t=TGCGG; s是t的超串 子序列和超序列 s=ATGCGGTA; t=TGTA； s是t的超序列 区间（interval） s=ATGCGGTACGTATACG; u=CG, s[i, i+1] 3. 串u和w的拼接(concatenation),表示为uw。 例如 s = ATGCGGTA; t=TGCGG st = ATGCGGTATGCGG ts = TGCGGATGCGGTA 串的冥 s = AT；sss= AT AT AT=s3 串的前缀（prefix） s = ATGCGGTAGC; prefix(s,3)=ATG; prefix(s,0) = ε 存在且只存在s的另1个子串u, 使得s=tu, t是u的前缀。 串的后缀（suf