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1 一些化合物红外光谱计算结果（从头算法，6-31G(d) ） 反应途径及过渡态计算 基元反应： 反应物 配合物 1 过渡态 配合物 2 产物 鞍点 势能面和反应途径 势能面无法实验测定。由量子化学计算给出 二维等能量线图 三维势能曲面 鞍点 T (A????B????C) The energy surface (in three dimensions) for a hypothetical chemical reaction from one equilibrium over a barrier (transition state) to the second equilibrium 如何进行反应途径和过渡态搜索？ 反应活化能计算精度取决于 ① 高级 (level) 的计算方法 ② 准确地确定鞍点及分子的过渡结构 鞍点的条件十分苛刻。处理手续复杂，计算量大 需采用较高级的专业量子化学软件 Gaussian 94, 98 2003 MWChem Gammes 6.0 MOPAC for Windows v2.0 均配备了反应途径和过渡态自动搜索的功能！ 反应物 F- + CH3Cl 能量极小点 1 F-···CH3Cl 过渡态 ( F-···CH3···Cl )- 能量极小点 2 FCH3···Cl- 产 物 FCH3 + Cl- 实例：一个SN2 反应的反应途径和过渡态计算 Electron density in the amino acid cystein calculated using a quantum-chemistry computer program. The picture shows the surface where the electron density is 0.002 electrons/?3 (meaning that nearly all electrons are inside the surface). The grey scale shows the electrostatic potential at this surface, darker portions representing negative potential. 半胱胺酸分子 等电子密度面 High up in the atmosphere, CF2Cl2 (freon) are destroyed by ultraviolet light. Free Cl atoms are formed, which react with O3 (ozone) and destroy them. The process can be studied using quantum-chemical calculations. Freon Ozone The electron density around the vitamin C molecule. The colors show the electrostatic potential with the negative areas shaded in red and the positive in blue 维生素C分子的 电子密度与静电势 ethylene Calculations and graphics at HF/3-21G* with MacSpartan Plus (Wavefunction Inc.). Electron density HOMO LUMO H2O Haloalkane Dehalogenase (DHase) 18 A QM MM Heff = Hqm + Hqm/mm + Hmm Combined QM/MM methods 发展QM/MM法的两位杰出华人青年化学家 Weitao Yang（杨伟涛） Duke University, Durham Jiali Gao（高嘉立） State University of New York at Burffalo 烯醇酶活性部位催化两步反应的计算 烯醇酶之谷氨酸和赖氨酸残基协同催化 磷酰甘油酯（PDA）的两步脱水反应 PDA 谷氨酸 赖氨酸 * * An Introduction to Ab Initio Molecular Dynamics 一、MD法原理 将微观粒子视为经典粒子，服从 Newton 第二定律 或 若各粒子的瞬时受力已知，可用数值积分求出运动的经典轨迹 Fi=-▽iU 假定1： 有效作用势近似 假定2： 周期性边界条件 (Periodical Boudary Condition) 二、MD法基本假定 困难 — 欲重现实际体系的