梨几丁质酶基因克隆及其生物信息学分析.PDFVIP

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2018-08-25 发布于天津
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梨几丁质酶基因克隆及其生物信息学分析.PDF

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中国农学通报 2015,31(9): 184-193 Chinese Agricultural Science Bulletin 梨几丁质酶基因克隆及其生物信息学分析 1 1 1 1 2 2 李伟阳，曾斌，李疆，田嘉，李秀根，王苏珂 1 （新疆农业大学林学与园艺学院/新疆农业大学果树学新疆特色果树研究中心，乌鲁木齐830052 ； 2 中国农业科学院郑州果树研究所，郑州450009 ）摘要：对克隆获得的梨几丁质酶基因Lchi 1 进行生物信息学分析，从而为该基因的功能鉴定提供理论基础，以期为梨的抗病育种提供基因来源。根据Genbank 中已克隆得到的几丁质酶基因保守区，在梨基因组数据库中进行Blast 比对，调取DNA 序列，从而设计引物，以高抗腐烂病品种‘小香水’(Pyrus ussuriensis cv. Xiaoxiangshui )为研究材料，克隆获得梨几丁质酶Lchi 1 基因cDNA 全长，并对其进行初步的生物信息学分析。梨基因组数据库中调取的DNA 序列2535 bp ，含有3 个外显子区、2 个内含子区。 Lchi 1基因全长1300 bp ，编码322 个氨基酸，其蛋白的分子式为C1607H2407N415O468 S17 ，分子量为35573.3 Da ，理论等电点为7.10。二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主，三级结构具有高度保守性。Lchi 1编码蛋白为可溶性胞外蛋白，存在少量的潜在磷酸化位点，属于糖苷水解酶19 家族，含有N-端信号肽，但是缺乏几丁质结合区。Lchi 1 基因属于CLASS Ⅱ几丁质酶基因，与其他科属植物的几丁质酶基因相似性均较高。关键词：梨；几丁质酶；Lchi 1 基因；生物信息学中图分类号：S661.2 文献标志码：A 论文编号：cas CloningofPearChitinaseGeneandBioinformaticsAnalysis 1 1 1 1 2 2 LiWeiyang,ZengBin,LiJiang,TianJia,LiXiugen,WangSuke (CollegeofForestryandHorticultureofXinjiangAgriculturalUniversity/theCharacteristicsFruitTreeResearchCenterofXinjiang1 AgriculturalUniversity,Urumqi830052; 2ZhengzhouFruitResearchInstituteChineseAcademyofAgricultureSciences,Zhengzhou450009) Abstract:ThepearchitinasegeneLchi1wasclonedandthegenerelatedinformationofthebioinformaticswas analyzed.Thusthestudycouldprovideatheoreticalbasisfortheidentificationofgenefunction,andprovidea sourceofgeneforpearresistancebreeding.Accordingtotheconservedsequenceoftheplantchitinasegenein Genbank,Blastwascarriedoutinthepeargenomedatabase,andtheDNAs