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基于XCT序列图像植物根系三维矢量模型构建方法 　　摘要：为实现植物根系三维构型参数的原位、无损、准确、快速和自动化测量，提出一种基于X射线计算机断层摄影术（X-ray computed tomography，简称XCT）序列图像的植物根系三维矢量模型构建方法。首先，根据根系的形态特征设计了根结点、根分枝、根系统3个基本结构；其次，对植物根系三维体数据（XCT序列图像）重切以提取根截面，并根据根截面质心和面积构建初始根结点，继而对根结点分组以构建初始根分枝，再通过重构根结点、重获根结点面积和根分枝关系判定构建完整的根系统（矢量模型）；再次，基于矢量模型设计根数、根长度、根体积、根表面积以及根夹角的计算方法；最后，在Windows平台上利用图形用户界面开发工具Qt、可视化工具包VTK和医学图像分割与配准工具包ITK实现上述结构和算法，并将上述参数的计算结果与手工测量值进行对比，验证所提出方法的可行性与准确性。 　　关键词：植物根系；XCT；矢量模型；三维构型 　　中图分类号： TP391文献标志码： A 　　文章编号：1002-1302（2017）14-0179-05 　　根系是植物赖以吸收?B分、水分的重要器官，其构型描述了根系在土壤空间中的分布性状，对植物的吸收能力有着决定性的影响。根系构型的检测与分析方法一直是植物表型检测的重要研究内容，而三维原位构型的自动检测和分析方法是该领域目前亟待解决的一个技术瓶颈。因此，对植物根系三维构型参数进行原位、无损、准确、自动和快速地测量具有重要的意义。挖掘法、钉板法、土钻法以及土柱法等传统根系研究方法均无法满足要求，而借助X射线计算机断层摄影术（X-ray computed tomography，简称XCT）技术则有望实现上述目标[1]。XCT技术被应用于植物根系研究已有30多年历史[2-3]，但由于成像分辨率低等因素的限制，过去大多数研究都偏向图像分割与可视化方面[4-6]，虽然曾有研究人员基于XCT技术测量植物根系构型参数，但效果并不理想[7]。随着XCT技术的发展，其成像分辨率已大大提高，用其对植物根系三维构型参数进行准确的测量已经成为可能，因此近年来基于XCT技术测量植物根系构型参数的研究逐渐增多[8-9]。然而，相关软件的发展并没有跟上XCT硬件的发展，目前依然缺乏稳定可靠的基于XCT技术的植物根系三维构型参数自动测量系统[10]。 　　针对上述背景，并借鉴田绪红等提出的基于横截面算法的三维植物根系图像骨架生成方法[11]和李骈臻等提出的基于骨架模型的植物根系三维构型可视化方法[12]，本研究提出基于XCT序列图像的植物根系三维矢量模型构建方法，并基于所构建的矢量模型实现根数、根长度、根体积、根表面积以及根夹角的自动化测量，该方法的实现将为植物根系三维构型参数的原位、无损、准确、自动和快速测量提供一个全新的工具，对植物根系的定量研究具有重要意义。 　　1植物根系三维矢量模型构建的基本原理 　　首先，用160 kV XCT系统采集根系样本断层序列图像，然后对其进行滤波和分割；其次，将已分割的序列图像读进计算机内存，组成三维体数据，对其重切以提取重切片[13]，根据重切片中各根截面的质心和面积构建初始根结点，并根据根系的形态特征设计算法对上述根结点分组以构建根分枝；再次，对各根分枝进行曲线拟合，以固定间隔采样拟合曲线上的点作为新根心点，并在各新根心点处再次重切（切面与拟合曲线垂直且经过新根心点）三维体数据以获取新根截面，根据新根截面的面积、等效圆半径以及等效圆周长等信息构建新根结点以取代各根分枝的初始根结点；另外，通过判定各根分枝的连通性建立它们的拓扑关系以构建完整的根系统（植物根系三维矢量模型）；最后，在上述矢量模型的基础上实现三维构型参数的计算。 　　2植物根系三维矢量模型的数据结构设计 　　为实现上述算法步骤，首先须要设计相应的数据结构。根据植物根系的形态特征，本研究设计了RootNode、RootBranch、RootSystem等3个基本结构，分别代表根结点、根分枝、根系统。根系统包含根分枝，根分枝包含属于它的根结点列表。 　　2.1RootNode 　　RootNode包含根结点号（NodeId）、所属根分枝号（BranchId）、根心坐标（Centroid）、法向量（Normal）、面积（Area）、半径（Radius）、周长（Perimeter）、根截面圆率（Roundness）以及根心线在该根结点处的曲率（Curvature）等信息。 　　在三维空间中用垂直于根分枝生长方向的平面（切面）在特定位置截断该根分枝，将得到1个根截面（图1），然后可根据此根截面的质心、面积以及法向量等信息构建根结点，具体方法为将根截面质心进行坐标变换[14]得