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基于分子信标逻辑门计算模型 　　摘 要：基于DNA计算的布尔电路的模拟是DNA计算研究中的一个非常具有应用前景的潜在的研究方向。利用分子信标和三链核酸分子的高度特异性及稳定性，提出了一个逻辑与、逻辑或门的DNA计算模型。基于分子信标的二种状态，将逻辑门的信息处理过程分为计算和输出二个子过程，从而使得这种基于DNA分子的逻辑门具有重复可用性，为构建基于DNA分子的大规模集成电路奠定了基础。 　　关键词：DNA计算；逻辑门；分子信标；三链核酸 　　中图分类号：TP18文献标识码：A文章编号：1672-1098(2008)01-0065-05 　　收稿日期：2007-08-13 　　基金项目：国家自然科学基金资助项目30570431)；中国博士后科学基金资助项目(2004036130)；浙江省自然科学基金资助项目(Y106654，Y405553);安徽省教育厅自然科学基金资助项目(2006kj068A,KJ2007B173);安徽省优秀人才基金，教育部新世纪优秀人才支持计划资助项目(NCET-06-0555);国家863高技术研究发展计划项目基金资助项目(2006AA01Z104) 　　作者简介：刘文斌(1969-)，男，陕西西安人，副教授，博士，主要从事生物信息学及DNA计算的研究。 　　 　　A Computing Algorithm for Logical Gates Based on 　　Molecular Beacon 　　LIU Wen-bing1,ZHU Xiang-ou1,YIN Zhi-xiang2 　　(1．College of Computer Science and Engineering, Wenzhou University, WenzhouZhejiang 325027, China；2．School of Science, Anhui University of Science and Technology, Huainan Anhui 232001, China) 　　Abstract:Boolean Circuit simulation based on DNA computation is one of the potential development direction in DNA computation. An algorithm of DNA computation for logic “AND ” and “OR” gates based on Molecular Beacon technique and big speciality and stability of Triple Helix Nucleic Acid molecule. On the basis of both states of Molecular Beacon, information processing of logic gates is divided into two subprocess, computing and output, which makes logic gates reusable. It makes possible to construct VLSI based on DNA computation. 　　Key words:DNA computation; Logic gate ; Molecular Beacon; Triple Helix Nucleic Acid 　　 　　DNA计算是近年来出现的一种新的方式［1］。人们在研究NP－完全问题的DNA计算模型的同时，也在开始探索新的潜在的应用，构建基于DNA的布尔电路就是其中一个研究方向。1996年，Ogihara等首次提出了基于DNA的布尔电路的模拟，并且给出了逻辑电路的DNA实现方法［2］。随后，文献［3-4］提出一种改进的逻辑与非门的DNA计算模型，并说明了如何通过这种逻辑门实现二个阶矩阵的传递闭包的计算。文献［5］提出了另一个逻辑与非门的DNA计算模型。所有这些计算模型都存在二个缺点：①由于限制性内切酶的作用，执行运算后的逻辑门也随之水解，因此不能重复利用；②这些逻辑门的DNA模型都是基于试管方式的，不利于在芯片上实现大规模的布尔逻辑电路。在文献［6］提出的“鞭子”PCR（Whiplash PCR）方法的基础上，文献［7］提出了应用这种“鞭子”PCR来实现布尔电路的思想。尽管在理论上是可行的，但是随着计算过程的进行，单链DNA分子的长度不断增加，这种“鞭子”PCR能否按照设定的程序执行就很难确定了。2004年，文献［8］提出了一个基于吡啶二聚物的诱导发夹结构的逻辑“与