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基于纳米金半减器模型 　　【摘 要】分子逻辑门具有存储量大，易设计，反应速度快的优点，是21世纪各学科最重要的交叉领域。本文是基于体外条件下对核酸分子逻辑门进行研究，在构建了一种基于分子信标的核酸逻辑与门和或门模型以后，提出了一种新型的半减器模型。这种较为复杂的逻辑组件为更大规模的分子电路提供了重要的支持。 　　【关键词】逻辑门；纳米金；分子信标；半减器 　　0 引言 　　DNA计算是近些年来出现的一种新的计算方式[1]。构建基于DNA的布尔电路就是其中一个方向。1999年，Ogihara等首次提出了基于DNA的布尔电路的模拟[2]。其用核酸分子来模拟布尔逻辑，实现以DNA为核心的分子计算机。2002年，Stojanovic等[3]建立了核酸分子逻辑门。其后又建立了复杂的逻辑门、半加法器[4]。2006年，Seelig等使用寡核苷酸来执行一套完整的布尔逻辑函数[5]。2010年，Zhang等人利用环状DNA作为亚基，以纳米金作为检测手段，构建了环状的DNA逻辑门[6]，该系统中环状DNA作为一个基本单位和线性DNA单链分子被作为输入和输出信号。随着微电子信息技术朝着纳米电子学和光子信息处理领域发展，纳米电子器件的构建越来越受到研究者的广泛关注[7]。本文介绍了基于纳米金的或门和与门模型，改进了一种新型的半减器模型。 　　1 分子信标与纳米金 　　纳米金是金的粒径为1-100nm之间的粒子，是生物化学分子良好的支架。1996年，Mirkin研究组利用纳米金与巯基之间能够形成稳定的Au-S键的性质制备了纳米金-DNA符合纳米探针并用于检测DNA[8]。 　　分子信标中最常用的淬灭剂是DABCYL，其对多种荧光素都有较强的荧光淬灭效率。但是其对于近红外的荧光染料淬灭效率较低。近年来Dubertrel等用纳米金粒子簇代替了DABCYL，避免了DABCYL的缺陷。他将3’端修饰巯基、5’端修饰荧光染料，利用巯基与纳米金的共价吸引力将DNA连接到纳米金上制成探针，同时5’端的荧光染料也由于化学键的作用连到纳米金颗粒上，导致荧光染料100%的荧光淬灭。当该探针与互补的靶序列杂交后，5’端的荧光染料会从纳米金颗粒上脱离，荧光新号恢复，从而可以用于超灵敏检测DNA序列。 　　2 半减器的计算模型 　　2.1 简单逻辑门计算模型 　　基于纳米金技术，我们设计了一个基于纳米金分子信标的逻辑门：选择两种DNA-纳米金复合物作为基本底物，每个颗粒表面同时结合分子信标和单链DNA，选用纳米金作为淬灭剂，茎环结构与纳米金直接作用的一段进行巯基化。 　　步骤1：对于所需要的DNA序列进行编码，生成表中所列的各条寡核苷酸链，得到的寡核苷酸链经过PAGE纯化；分子信标经过HPLC纯化。步骤2：对分子信标的3’端加入不同的荧光剂，S123加入FAM，S789加入ROX。定义与门中有两种不同荧光同时生成输出“1”；其他情况输出“0”。步骤3：对S123和S789分别在5’端进行巯基化，通过Au-S键纳米金结合成稳定的状态，引入0nt的寡核苷酸链；S456和Sabc同样分别进行巯基化。步骤4：逻辑门是双输入，两条输入链1和2分别是是Sl*2*3*c*b*和S5*6*8*9*7*，得到输出。 　　2.2 半减器设计 　　半加器是两个输出输入，由INH门和XOR门组合而成。我们利用荧光基团FAM和ROX，分子信标链3’端标记FAM，5’端标记ROX，与纳米金通过互补形成基础链，在检测的时候可以同时发现这两种荧光。同样纳米金颗粒连接的DNA分子信标链的的5’端和链S456的3’端要进行相应的疏基化修饰。步骤1：同上；步骤2：在分子信标链的3 ’端加上FAM ，5’端标记ROX；步骤3：分子信标的5’端进行疏基化修饰，链S456的3’端进行疏基化修饰，两者分别通过Au-S键和同一个纳米金颗粒结合，形成稳定DNA-纳米金复合物，并引人寡核苷酸链。步骤4： 2个输入分别用输入链1和输入链2表示，此时分别以（0，0）， （0，1），（1， 0）， （1， 1）加入装有DNA-纳米金复合物的四个试管溶液中；步骤5：经过一段时间，反应完毕，紫外激发下分别在520mn和607nm出测量焚光含量。本文我们给出了一种新的半减器模型，以寡核苷酸链作为输入信号，荧光检测作为输出信号，并用更为灵敏的淬灭剂纳米金代替了传统的有机染料。其优点是：（1）相比容易在溶液中聚沉的纳米金，15nm的尺度使得颗粒表面结合的DNA链在结合链的附近引入疏基化，增加了复合物的稳定性，这增加了模型算法过程的可控性和结果的可靠性；（2）相比与传统的猝灭剂，其反应结果更加灵敏。但我们的计算模型略显简单，其算法复杂度不高，但这都为我们下一步构建多输入的逻辑门计算模型和进行大规模的环路构建来模拟大型